抵達黑金市與邂逅道館館主
小智、小光與小剛終於抵達了黑金市，準備挑戰小智在神奧地區的第一場道館賽。在黑金道館前，他們遇見了宿敵真司。道館代理人岩男告訴他們，館主瓢太目前正在炭坑工作，於是眾人前往炭坑尋找。在那裡，他們見到了身兼挖掘隊長的瓢太，他正熱衷於挖掘古代寶可夢的化石。瓢太向眾人介紹了黑金市的化石修復技術，這引起了躲在一旁打工的火箭隊三人組的覬覦。在瓢太完成工作後，眾人回到道館，準備開始由真司發起的道館挑戰賽。
道館賽開幕：屬性與策略的博弈
比賽正式開始，由瓢太對陣真司。這是一場三對三的戰鬥。瓢太首戰派出小拳石，而真司則派出了在屬性上佔絕對優勢的瑪力露麗。然而，真司的瑪力露麗雖然使出水炮，卻被小拳石以覺醒力量抵擋，隨後小拳石利用威力不斷疊加的滾動攻擊擊敗了瑪力露麗。真司冷酷地收回瑪力露麗並斥責其無用，接著派出電擊怪。儘管屬性不利，真司卻利用電擊怪學會的格鬥系招式「劈瓦」成功一擊打倒了小拳石。
隱形岩的威脅與大岩蛇的強悍
瓢太隨後派出體型巨大的大岩蛇，其速度與力量兼具。真司決定繼續使用電擊怪戰鬥。大岩蛇使用了戰略性技能「隱形岩」，這會對之後替換登場的寶可夢造成傷害。在大岩蛇猛烈的「捨身衝撞」攻擊下，電擊怪雖然受損，卻也觸發了特性「靜電」導致大岩蛇陷入麻痺。真司趁機收回電擊怪，派出小火焰猴。小火焰猴一登場就受到隱形岩的傷害，但牠靈活運用「挖洞」招式，在地面下避開攻擊並成功重創大岩蛇，最終擊敗了瓢太的第二隻寶可夢。
最終對決：頭蓋龍的恐怖威力
瓢太最後派出了他的王牌——頭蓋龍。頭蓋龍展現了驚人的反應速度，小火焰猴的挖洞攻擊被其輕鬆識破。頭蓋龍使出強力的「意念頭錘」讓小火焰猴陷入畏縮狀態。在危急時刻，小火焰猴觸發了特性「猛火」，火焰威力大幅提升，並以火花與火焰輪重創了頭蓋龍的腿部。然而，頭蓋龍依然以強悍的攻擊力擊敗了體力耗盡的小火焰猴。真司最後再度派出受傷的電擊怪登場，電擊怪同樣受到隱形岩的傷害。
勝負揭曉與小智的挑戰
在最後的決戰中，頭蓋龍的特性「破格」使其無視電擊怪的靜電特性，但因為之前腿部受傷導致動作遲緩。真司看準時機，命令電擊怪鎖定對方的腿部進行攻擊。在一連串激烈的招式交火後，電擊怪與頭蓋龍都已瀕臨極限。最終，電擊怪頂住了頭蓋龍的噴射火焰與意念頭錘，成功以劈瓦給予致命一擊，頭蓋龍倒下。真司獲得了勝利並拿到石炭徽章。看著真司獲勝後正要離開，不甘示弱的小智向真司發出豪言，要求他留下來觀看自己接下來的道館戰，兩人的競爭意識再次升溫。