溫柔的培育家與受傷的長鼻葉
小智、小光和小剛在前往下一個道館所在地「鋼鐵市」的途中，於森林裡的寶可夢中心遇到了一隻極具警戒心的長鼻葉。這隻長鼻葉因為受傷而變得非常暴躁，甚至攻擊想要幫牠治療的喬伊小姐。這時，夢想成為世界第一寶可夢培育家的小剛挺身而出，利用專業的知識與耐心，模仿長鼻葉的習性降低牠的戒心，成功地為牠進行了治療。喬伊小姐解釋，這隻長鼻葉應該是從山另一頭的千年大樹那裡與同伴失散了，小智一行人便決定送牠回家。
火箭隊的陰謀與大廚小剛
一直在暗中監視的火箭隊三人組，看中了長鼻葉擅長吹奏草笛的特點，幻想將其獻給坂木老大作為療癒疲憊心靈的禮物。他們偽裝成山男與山女，帶著假冒的狡猾天狗試圖騙走長鼻葉，在身分敗露後，利用機械手臂強行擄走了長鼻葉以及小剛的盆才怪。小剛為了保護寶可夢也一起被抓走。面對飢腸轆轆的火箭隊，小剛機智地提出願意利用現有的簡單食材（大根、大豆、馬鈴薯等）為他們烹飪美食。火箭隊被小剛高超的廚藝征服，在瘋狂大啖美食時放鬆了警惕。
盆才怪進化！樹才怪登場
趁著火箭隊狼吞虎嚥之際，小剛指揮盆才怪對籠子發動「捨身衝撞」。在激烈的碰撞與想要守護長鼻葉的強烈意志下，盆才怪發出了耀眼的光芒，成功進化成了樹才怪！進化後的樹才怪展現出更強的力量，打破了籠子並帶著長鼻葉逃走。雖然樹才怪依然天生怕水，但在逃亡過程中，為了幫助同伴長鼻葉跨越溪流，牠鼓起勇氣克服了對水的恐懼。隨後，不甘心的火箭隊再度追上，小剛派出了不良蛙與進化後的樹才怪迎戰。樹才怪利用「模仿」反擊了尖牙籠的種子機關槍，展現出驚人的戰鬥天賦。
誤會解除與回歸森林
戰鬥中，一隻巨大的狡猾天狗突然現身，牠誤以為是小智一行人拐走了長鼻葉，憤怒地發動攻擊。狡詐的喵喵趁機挑撥離間，導致狡猾天狗一度攻擊小智等人。幸好長鼻葉及時向同伴解釋清楚真相，指出火箭隊才是真正的壞人。得知真相的狡猾天狗與皮卡丘聯手，分別以鐮鼬與十萬伏特將火箭隊送向遠方的天空。最後，長鼻葉順利地回歸同伴的身邊，而小剛也對變得更加可靠的樹才怪感到欣慰。一行人告別了長鼻葉，繼續朝著小智的第一場道館賽——鋼鐵道館前進。