火箭隊的偷襲與皮卡丘的失蹤
在前往下一個華麗大賽舉辦地「祝慶市」的途中，小智一行人遭遇了火箭隊的偷襲。火箭隊成功搶走了皮卡丘，小智隨即派出姆克兒展開追擊。在混亂的空中追逐戰中，小次郎的尖牙籠因意外咬住小次郎導致熱氣球爆炸，皮卡丘與火箭隊一同墜落森林。皮卡丘與小智失散後，在森林深處意外遇見了一隻充滿正義感的野生苗龜。
森林守護者苗龜的正義感
這隻苗龜個性強悍且極具領地意識，牠誤以為火箭隊是在欺負皮卡丘，便主動發起攻擊將火箭隊擊飛。隨後，小智等人趕到現場，小光因難得見到野生的苗龜而試圖收服，並派出波加曼對戰。然而，苗龜為了保護皮卡丘，對小智一行人展現出強烈敵意。混亂中，一隻走路草灑下了催眠粉，導致小智與皮卡丘陷入沉睡，苗龜隨即將他們帶走以確保安全。
雪乃婆婆與苗龜的故事
小智在森林中的一處小屋中醒來，結識了居住於此的雪乃婆婆。雪乃解釋這隻苗龜並非她的寶可夢，而是她的好朋友。苗龜主動擔任起森林的領導者，負責調解野生寶可夢之間的衝突，並守護著森林與湖泊。雖然苗龜有時過於熱心且行事固執，但雪乃透露，苗龜咬人其實是牠對人表達喜愛的一種特殊方式。在解釋清楚誤會後，小智與苗龜化敵為友，並一起協助小剛為受傷的直衝熊進行治療。
合力擊退火箭隊
火箭隊再次捲土重來，利用機械裝置抓走了皮卡丘與苗龜，並順著河流行動逃跑。小智不顧安危跳入急流營救，展現出對寶可夢的深厚感情。隨後火箭隊派出飯匙蛇與尖牙籠展開正面對決，苗龜與皮卡丘展現了優異的合作默契，最後由皮卡丘使出強力的「伏特攻擊」再次將火箭隊擊飛，成功救回所有寶可夢。
小智與苗龜的對戰與收服
在告別之際，雪乃婆婆看出苗龜非常中意小智，鼓勵牠跟隨小智去開拓眼界。苗龜為了確認小智的實力，要求在加入前進行一場正式對戰。對戰中，苗龜靈活運用「葉快刀」與「撞擊」壓制皮卡丘，小智則冷靜應對，利用速度優勢與「鐵尾」反擊，最終由皮卡丘以「十萬伏特」取得勝利。小智成功收服了新夥伴苗龜，一行人帶著新的力量，繼續朝著祝慶市前進。