夢想與冒險的起點
在神奧地區的雙葉鎮，少女小光迎來了她十歲生日，這也是她獲准正式成為寶可夢訓練家的日子。小光一心嚮往能成為像母親彩子一樣的「頂尖協調訓練家」，在準備好行李並收下母親傳承的專業賽事優勝緞帶作為護身符後，她獨自踏上前往真砂鎮山梨研究所的旅程。雖然小光一路上因為迷路而有些波折，但最終在山梨博士本人的引導下順利抵達了研究所。
研究所的意外風波
就在小光抵達前不久，研究所發生了意外。原本準備給新人訓練家的三隻最初寶可夢：小火焰猴與波加曼，因為爭奪食物而大打出手，不僅搞亂了實驗室，還趁隙逃進了後方的森林，連研究中的姆克兒與姆克鷹也一起飛走了。為了負起責任，小光主動請纓進入森林尋找這兩隻失蹤的寶可夢。在森林中，小光發現了被阿利多斯網困住的波加曼，儘管波加曼最初個性傲慢且不配合，但小光不顧危險救出了牠，兩人隨後遭到一群憤怒的阿利多斯圍攻。
建立羈絆與神祕黑影
面對阿利多斯群的攻擊，小光展現了過人的勇氣保護波加曼，而波加曼也深受感動，使出「忍耐」招式反擊敵群，成功化解危機。兩人脫險後，在回程途中經過了神奧地區傳說中的心齊湖，小光在湖邊目睹了一個神祕的半透明倒影，雖然博士後來提到那可能是傳說中的寶可夢，但目前仍是個謎。回到研究所後，小光因為這場患難與共的經歷，決定選擇波加曼作為她最初的夥伴。在領取了寶可夢圖鑑與精靈球後，小光與波加曼正式展開了旅行。
小智抵達神奧與新的混亂
與此同時，來自關都地區的小智也帶著皮卡丘與偷偷跟來的長尾怪手搭船抵達了神奧地區。然而，一路跟蹤而來的火箭隊三人組突然發動襲擊，試圖抓走皮卡丘。在混亂的空中戰鬥中，火箭隊雖然被打飛，但皮卡丘也意外從小智的視線中失蹤。就這樣，小光夢想的開端與小智尋找皮卡丘的焦急旅程，在神奧地區拉開了序幕。