梣木大會的平局與分半的獎牌
在梣木大會的寶可夢華麗大賽決賽中，小智與小遙展開了激烈的對決。隨着比賽時間結束，雙方的分數完全相同，喬伊小姐宣佈兩人並列冠軍。由於大會只準備了一枚梣木獎牌，小智與小遙決定將獎牌一分為二。小智命令蜥蜴王使用「葉刃」將獎牌切開，兩人各持有一半的獎牌，象徵着這段共同奮鬥的友情。
夥伴們的告別與新的志向
在慶功宴上，小遙向大家宣佈，她決定獨自前往城都地區參加當地的寶可夢華麗大賽。雖然小勝感到寂寞，但小智與他約定，等小勝成為寶可夢訓練家後，兩人要立刻進行對戰，這讓小勝重新燃起了熱情。隨後，小遙和小勝乘船返回豐緣地區，而小智與小剛也在十字路口告別，小剛回到了尼比市，小智則帶着皮卡丘返回真新鎮。
宿敵小茂的再現與神奧地區的新寶可夢
小智在回家的路上遇到了火箭隊正試圖捕捉一隻神祕的寶可夢。這時，小茂帶着來自神奧地區的新夥伴「電擊魔獸」出現，輕鬆擊敗了火箭隊。小智對這隻從未見過的寶可夢感到好奇，並向小茂提出對戰請求。兩人隨後來到大木研究所進行對決，小智派出皮卡丘對戰電擊魔獸。儘管皮卡丘使出了強力的「伏特攻擊」，但小茂利用電擊魔獸的「守住」和「雷電拳」取得了最終勝利。
新的冒險起點，前往神奧地區
輸給小茂後，小智意識到外面的世界還有更多強大的寶可夢和訓練家。當他得知小茂即將回神奧地區繼續研究時，小智也決定前往神奧地區展開新的旅程。大木博士交給小智最新款的寶可夢圖鑑，並建議他去真砂鎮拜訪山梨博士。第二天，小智告別了母親花子，僅帶着皮卡丘登上了前往神奧地區的渡輪，沒想到長尾怪手也偷偷跟了上來。帶着對新世界的憧憬，小智的全新冒險正式拉開序幕。