神奇寶貝中心的突發狀況
在對戰金字塔敗給開拓之腦神代後，小智留在芬內爾谷的神奇寶貝中心持續特訓，為了雪恥而不斷與皮卡丘、蜥蜴王、長尾怪手及龍蝦小兵磨練默契。然而，長期的過度勞累讓該中心的喬伊小姐病倒了。為了讓喬伊小姐能安心休養，小智一行人與大木博士、亞希達決定代班接手神奇寶貝中心的所有工作，小剛更自告奮勇負責所有的料理與專業照顧任務。
突如其來的救護任務
此時，神奇寶貝保育員邁克在運送一群受託照顧的幼年神奇寶貝途中，巴士不慎撞上頑皮雷彈而發生事故。小智等人立刻出動緊急車輛將受傷的寶貝龍、由基拉、咕妞妞、小豹貓等神奇寶貝接回中心。在照顧過程中，小遙與小勝也體會到照顧神奇寶貝的辛苦，必須根據不同神奇寶貝的習性——如咕妞妞喜歡被撫摸、由基拉性格害羞等——給予細心的陪伴。
寶貝龍的飛翔夢想
邁克提到其中的寶貝龍夢想著能在天空飛翔，因此經常不顧危險從高處跳下。在中心休息時，寶貝龍再次為了追尋夢想從懸崖跳下，卻落入河中遭到利牙魚群襲擊，幸好小智的蜥蜴王及時跳入水中將其救起。然而，寶貝龍因受驚與落水而發起高燒，陷入危急狀態。幸運的是，喬伊小姐此時及時康復回到崗位，配合小剛與大木博士的專業處置，終於讓寶貝龍脫離險境。
火箭隊的奇襲與由基拉的勇氣
火箭隊三人組偽裝成「神奇寶貝保育員組合」的派駐助手，趁機奪走所有幼年的神奇寶貝。正當火箭隊打算帶著戰利品揚長而去時，平時內向害羞的由基拉在小遙的鼓勵下激發了勇氣，施展強力的「沙暴」造成熱氣球混亂，讓大家成功奪回被搶的神奇寶貝。最後，皮卡丘以威力十足的「伏特攻擊」徹底擊飛火箭隊。
重新燃起的鬥志
隨著事故圓滿解決，邁克帶著恢復健康的神奇寶貝們重新出發。此時，亞希達帶來了神代的最新消息，告知神代已經收服了目標神奇寶貝並即將回歸對戰金字塔。得知最終挑戰即將開始，小智與皮卡丘展現出前所未有的鬥志，準備迎接與神代的再戰。