抵達芬內爾谷與熱情的喬伊小姐
小智一行人為了挑戰最後的對戰開拓區設施「對戰金字塔」，來到了位於芬內爾谷的所在地。在這裡，他們遇見了對戰開拓區的負責人亞希達，以及一位性格非常熱血且熱愛寶可夢對戰與華麗大賽的喬伊小姐。這位喬伊小姐不僅是小智和小遙的粉絲，還曾被譽為「關都的鬼百合」，擁有極強的對戰實力。為了在正式比賽前熱身，小智派出龍蝦小兵與喬伊小姐的吉利蛋進行對戰，沒想到吉利蛋展現出驚人的體力與多樣化的招式，最終以陽光烈焰擊敗了龍蝦小兵。這場敗仗讓小智意識到自己不能只靠蠻力衝刺，必須重新找回對戰的冷靜與節奏。
神代的挑戰與大木博士的支援
隨後，小智在遺跡中找到了正在進行考古調查的神代。神代告知小智他已解開古代文字的謎團，準備出發捕捉傳說中的寶可夢「光之化身」，但在此之前願意接受小智的挑戰，並提前預告將使用鋼鐵寶可夢「雷吉斯奇魯」出戰。為了對抗鋼屬性的強敵，小智聯絡了大木博士，決定從研究所調回屬性佔優勢的煤炭龜。大木博士提到煤炭龜在研究所修行期間學會了新招式「熱風」，這成為了小智反擊的關鍵。雖然長尾怪手在這過程中被傳送回研究所作為交換，但小智已做好了與雷吉斯奇魯決一死戰的心理準備。
焦灼的鋼鐵之戰：煤炭龜對決雷吉斯奇魯
正式對戰在對戰金字塔內展開，這是一場一對一的巔峰對決。小智的煤炭龜一開場就展現出高昂的鬥志，利用噴射火焰發動猛烈攻擊。神代的雷吉斯奇魯則展現出極致的防禦力，並使用「鎖定」搭配「電磁炮」發動精準打擊。煤炭龜雖然利用「鐵壁」苦撐，但仍因電磁炮的效果陷入麻痺。在劣勢中，小智指揮煤炭龜施展新學會的強力招式「熱風」，高溫的熱浪給予了雷吉斯奇魯有效的傷害。神代見狀也燃起鬥志，命令雷吉斯奇魯使出「沙暴」，並利用對方的攻擊能量強化自己的氣勢，雙方進入了白熱化的體力與根性較量。
惜敗後的成長教誨與未來再戰
在戰鬥的最後階段，小智巧妙地讓煤炭龜衝入沙暴的旋渦中心，利用旋轉的離心力加持「泰山壓頂」給予雷吉斯奇魯直擊。然而，神代的經驗更勝一籌，雷吉斯奇魯在混亂中再度使出鎖定，隨後以無法閃避的電磁炮徹底擊潰了煤炭龜，小智最終遺憾落敗。賽後，神代肯定了小智的實力，並教導他：對戰並非單靠訓練家指揮，而是要與寶可夢「心意相通」，才能發揮出獨一無二的戰鬥風格。神代隨後駕著對戰金字塔出發去捕捉新的寶可夢，小智則承諾會在此期間加倍努力修行，等待神代歸來進行最後的制霸決戰。