誤入古老遺跡與金字塔法老神代
小智、小遙、小勝和小剛終於抵達了對戰開拓區的最後一站——對戰金字塔。然而，在尋找設施的途中，眾人意外掉進了古老的遺跡陷阱中。正當他們試圖尋找出口時，小智因一時好奇觸碰了機關，引發巨大的石球陷阱。此時，一位神秘男子帶著傳說中的寶可夢雷吉洛克出現，並命令其使用「氣合拳」擊碎石球救了大家。這名男子自稱為神代，是這座遺跡的調查者，他嚴厲地斥責小智身為訓練家卻神經鬆懈，過於浮躁。
波克蘭帝斯王的靈魂附身
神代向大家講述了古代帝國「波克蘭帝斯」的傳說：曾經有一位邪惡的國王企圖利用鳳王的力量征服世界，卻反遭鳳王毀滅，國王最後將鳳王的靈魂（其實是自己的野望）封印在石球中。小智為了證明自己並非神代口中的「未熟者」，不顧神代的制止強行打開了密室中的石球。然而，石球中封印的竟是邪惡國王的靈魂。國王的靈魂瞬間附身在小智身上，企圖奪取眾人的寶可夢並重振帝國。此時，亞希達也趕到現場，並揭露神代正是對戰金字塔的開拓之腦「金字塔法老」。
對戰金字塔的慘烈戰鬥
為了救回小智，神代接受了被附身的小智所提出的挑戰，雙方展開一場一對一的寶可夢對戰。被邪惡靈魂掌控的小智派出了蜥蜴王，對抗神代的雷吉洛克。在戰鬥中，附身於小智的國王採取了極其卑鄙的手段，包括利用蜥蜴王攻擊天花板製造落石，甚至命令蜥蜴王躲在裁判壯太郎的身後當肉盾。蜥蜴王雖然對命令感到猶豫，但在邪惡力量的威逼下只能照辦。儘管如此，神代的雷吉洛克憑藉著強大的防禦力與「鎖定」技能，最終以「破壞光線」擊敗了蜥蜴王。
戰勝自我與未來的再戰約定
當神代痛斥國王是「卑鄙小人」時，小智真實的意識開始覺醒。邪惡靈魂企圖命令皮卡丘攻擊同伴，但在眾人的呼喚下，小智奪回主導權，命令皮卡丘對自己發動「十萬伏特」以驅逐邪靈。神代趁機唸出咒語，成功將波克蘭帝斯王的靈魂重新封印。事後，神代教導小智，他並非輸給了邪惡靈魂，而是輸給了自己那顆自滿的心。小智深刻反省後，誠心請求神代能再給他一次正式挑戰的機會。神代答應了約定，隨後駕馭著會飛行的對戰金字塔前往下一個遺跡。看著天空中飛過的鳳王幻影，小智決定重拾初心，為最終的挑戰做準備。