重回尼比道館與父母的荒唐計畫
小智一行人在前往最後一個對戰設施「對戰金字塔」的途中，順路拜訪了小剛的家鄉——尼比道館。然而，眾人抵達時卻發現道館外觀被改裝得極其花哨，完全失去了以往岩石系道館的威嚴。原來，小剛的父母武能與小米被偽裝成「道館改裝師」的火箭隊三人組所欺騙。火箭隊利用「道館時尚評分墊底」的假消息，鼓動兩人改裝道館，並贈送了前往南方小島的旅遊機票，藉此將道館領袖支開，企圖趁機奪取道館內的寶可夢。
次郎的成長與大鋼蛇的進化
小剛從弟弟次郎口中得知了事情的原委。雖然道館被改得慘不忍睹，但小剛驚喜地發現，原本的大岩蛇在次郎的悉心培育下已經進化成了強大的大鋼蛇，其他寶可夢也被照顧得非常好。次郎對火箭隊的行為感到憤怒，並堅信道館的價值在於訓練家的實力而非外表。小剛對次郎的成長感到欣慰，決定與小智聯手擊退這群不速之客，奪回道館的自主權。
激烈的道館雙打對戰
火箭隊眼見計畫受阻，便提出以道館裝修權為賭注的寶可夢雙打對戰。小智派出頓甲支援小剛的大鋼蛇。與此同時，火箭隊意外收到了信使鳥送來的支援物資——強大的噴火龍與波士可多拉（事後證實是信使鳥送錯了原本要給亞瑪多與小三郎的包裹）。儘管火箭隊擁有了強力寶可夢並一度壓制對手，但在對戰關鍵時刻，喵喵試圖偷走道館寶可夢球的行徑被小勝揭穿，次郎也派出小拳石加入戰局支援兄長。
揭穿陰謀與再次啟程
在小智與小剛的完美默契配合下，皮卡丘、頓甲、大鋼蛇與小拳石合力使出強力招式，將火箭隊三人組徹底擊飛。隨後武能與小米從旅遊中歸來，雖然兩人為受騙感到反省，但小米隨即又拿出新的奇怪紀念品想要裝飾道館，讓小剛深感無奈。在確認道館危機解除並將重任託付給成長許多的次郎後，小剛與小智一行人重新出發，目標直指即將抵達的對戰金字塔。