地磁異常與保育家日向的現身
小智、小遙、小勝與小剛在前往深灰市的途中，目睹了壯麗的山區景色，卻突然遭遇奇怪的極光與強烈的地磁異常現象。這股電磁干擾不僅讓皮卡丘感到身體不適，甚至連精靈球和寶可導航員都陷入失靈狀態，導致眾人無法喚出寶可夢。就在此時，寶可夢保育家日向帶著正電拍拍現身，她利用不受地磁影響的捕獵游標捕獵了七夕青鳥，成功引導受干擾而迷失方向的青綿鳥群回到正確航道，展現了保育家的專業技術。
神祕寶可夢代歐奇希斯的現影
日向向眾人解釋，這片山區的地磁正發生劇烈波動，並推測這與傳說中的宇宙寶可夢「代歐奇希斯」有關。隨後，眾人親眼目睹代歐奇希斯的幻影短暫出現又消失。為了進一步調查，他們前往附近的寶可夢中心。從喬伊小姐口中得知，十年前曾有巨大的隕石墜落於此，而這幾天發生的地磁異常與系統故障正是從上週開始加劇。日向決定前往隕石墜落地點一探究竟，而對代歐奇希斯充滿強烈好奇心的小勝，也瞞著大家偷偷跟了上去。
隕石坑的對峙與痛苦的形態變化
在隕石墜落地點，代歐奇希斯再度現身，並在眾人面前展現了不斷切換防禦、攻擊、速度等不同形態的能力，表現得極為焦躁且具有攻擊性，甚至施展「賽科推進」攻擊眾人。日向發現代歐奇希斯似乎正處於某種異常狀態，正忍受著極大的痛苦。為了安撫它，日向捕獵了附近的大奶罐，指揮其使用「療癒之鈴」平息代歐奇希斯的痛苦，地磁亂象也隨之暫時穩定。然而，當日向試圖進一步捕獵以保護它時，代歐奇希斯再次陷入混亂。
跨越物種的感應與突發的綁架事件
就在混亂中，火箭隊的喵喵意外與代歐奇希斯產生了精神感應，翻譯出它內心不斷重複著「好可怕」的訊號。小勝因其純真與敏銳的感受力，也感應到了代歐奇希斯在寒冷、孤獨的宇宙中飛行時所經歷的恐懼。儘管小勝嘗試透過對話安撫它，但代歐奇希斯在極度不安下施展了「神秘守護」，將小勝與喵喵包裹在光球之中，並在眾目睽睽之下將兩人帶往空間的另一端消失不見。小智一行人眼睜睜看著夥伴被帶走，為這場宇宙寶可夢危機拉開了緊張的序幕。