意外的重逢與謊言
在前往對戰競技場的旅途中，小遙的小卡比獸突然身體不適，小智一行人正焦急尋找神奇寶貝中心時，遇見了一對慈祥的老夫婦。這對老夫婦主動邀請眾人前往他們管理的宅邸休息，並讓小卡比獸接受治療。與此同時，火箭隊的小次郎也正為了病重的風鈴鈴心急如焚，意外發現這座宅邸竟然是他在這附近的一座別墅。
管理這座別墅的正是小次郎小時候最親近的「爺爺」與「婆婆」。為了不讓兩位長輩擔心，並維持在他們心中「成功企業家」的形象，小次郎請求武藏與喵喵配合演戲，謊稱武藏是他的秘書，喵喵則是經理。在遇到小智一行人後，小次郎更低頭哀求小智等人隱瞞他是火箭隊的事實，並達成互不侵犯的暫時休戰協議。
信念的衝突與決裂
別墅內有一座充滿神奇寶貝的「神奇寶貝屋」，小次郎在這裡度過了溫馨的時光。然而，武藏與喵喵不顧約定，在深夜企圖將神奇寶貝屋裡的天然雀、烏波以及小遙的小卡比獸一網打盡。雖然小次郎極力勸阻，但利慾薰心的武藏與喵喵執意妄為。
為了守護爺爺婆婆悉心照料的神奇寶貝，小次郎毅然選擇站在正義的一方，與小智聯手對抗自己的同僚。他派出刺球仙人掌與小智的小小象合作，將企圖奪取神奇寶貝的武藏、喵喵與飯匙蛇擊飛，成功守護了別墅的和平。
悲傷的離別與新的羈絆
戰鬥結束後，小次郎意識到風鈴鈴的體力已經極度衰弱，若繼續跟著他四處奔波，病情恐怕無法好轉。儘管內心極度不捨，小次郎仍決定將深愛的風鈴鈴留在別墅交由爺爺婆婆代為照顧，讓牠在安靜的環境中休養。就在小次郎強忍悲痛準備離去時，別墅裡的魔尼尼感受到了小次郎那份溫柔與寂寞的心情，主動提出要跟隨他。魔尼尼就這樣鑽進了小次郎提供的球中，成為了他的新夥伴。
小智一行人與老夫婦告別後繼續旅程。而看著小次郎離去的爺爺與婆婆，其實早已察覺到小次郎加入了火箭隊，但他們認為身分並不重要，只要小次郎那顆善良溫柔的心沒有改變，他依然是他們心中最引以為傲的小少爺。這場充滿洋蔥的離別，為這段旅程增添了深刻的情感重量。