意外的開端與火箭隊的陷阱
隨著寶可夢華麗大賽大型慶典圓滿落幕，小智一行人正準備前往下一個目的地——彩幽市，參加即將在兩週後開幕的豐緣聯盟彩幽大會。就在此時，小遙興奮地宣布自己抽中了頭獎，獲得了前往彩幽市的直達私人包機。眾人原本以為可以順利提早到達目的地進行特訓，沒想到這架飛機竟然是火箭隊佈下的陷阱。武藏、小次郎與喵喵企圖將眾人連同皮卡丘直接帶往火箭隊總部。然而，由於武藏疏忽沒有裝填足夠的燃料，飛機在飛行途中遭遇亂氣流，最終被迫緊急降落在一座無名的孤島上。
神祕的島民與吼吼鯨之島
在飛機墜落後，小智等人遇見了一位名叫羅賓的男子。羅賓原本身為一名業務員，在多年前遭遇船難逃生不及而落海，所幸被一隻吼吼鯨救起並帶到這座島上，他將此地命名為「吼吼鯨之島」。儘管這裡是一座無人島，但羅賓在吼吼鯨與島上寶可夢的陪伴下，過著自給自足且快樂的生活。眾人從羅賓口中得知，這座島周圍環繞著激烈的漩渦，上空也有強大的亂氣流，導致船隻與飛機都無法靠近，多年來根本無法脫困。
通力合作與火箭隊的背叛
為了離開孤島，小剛提議利用眾多寶可夢的力量，將破損的飛機殘骸改造成鋼鐵船，以期突破周圍的漩渦，並計劃從森林的木果中提取油脂作為替代燃料。雖然火箭隊起初為了生存假意與小智一行人合作工作，但內心仍盤算著要奪走船隻與皮卡丘。到了出發當天清晨，火箭隊在油脂尚未裝填完畢、羅賓也尚未登船的情況下，趁隙發動突襲搶走了船隻並抓走皮卡丘。然而，由於缺乏燃料，船隻很快就在漩渦中失去動力，火箭隊再次陷入危機。
吼鯨王的誕生與最終脫困
在危急時刻，羅賓的救命恩人吼吼鯨為了保護眾人，在強烈的光芒中進化成了體型巨大的「吼鯨王」。吼鯨王展現驚人威力，利用招式「噴火」將火箭隊轟飛，隨後讓小智一行人與羅賓搭乘在牠寬廣的背上。在突破漩渦的關鍵時刻，吼鯨王施展了「水之波動」成功衝出重圍。隨後，眾人遇到了一艘路過的船隻並順利獲救。原本打算重回社會的羅賓，在看著吼鯨王時意識到，在都市忙碌的生活中他迷失了自我，而在這座島上他才找到了活著的喜悅。最終，羅賓決定與吼鯨王一起回到島上生活。小智一行人帶著羅賓的祝福，繼續朝向彩幽市邁進。