超古代寶可夢的衝突與瘋狂
本集延續火岩隊與水艦隊的激烈衝突。水艦隊首領亞當斯利用「紅色寶珠」操控超古代寶可夢蓋歐卡，企圖以洪水淹沒世界，建立屬於水艦隊的理想地。亞當斯在寶珠力量的影響下陷入瘋狂，無視部下的安危，甚至揚言要將整座島嶼沉入大海。與此同時，神奇寶貝Ｇ曼的渡潛伏在火岩隊中觀察戰局，而小智的皮卡丘因為先前融合了「藍色寶珠」，體力與情緒都處於極度不穩定的暴走狀態。
大地之神固拉多覺醒
蓋歐卡在海面上引發巨大的海嘯，眼看整座島嶼就要被吞沒。此時，受到藍色寶珠引導的皮卡丘，釋放出驚人的電擊，成功擊破了水艦隊潛水艇的貨櫃，將被囚禁在其中的另一隻超古代寶可夢——固拉多解救出來。固拉多現身後，兩大超古代寶可夢展開了震撼天地的決鬥。固拉多施展強大的日光束將蓋歐卡製造的巨浪擊碎，暫時守住了島嶼，避免了毀滅性的災難。
小智與渡的共同作戰
為了拯救被寶珠折磨的皮卡丘並阻止戰火蔓延，小智決定留在前線，與渡並肩作戰。小遙、小剛與小勝則負責引開水艦隊的注意力。亞當斯在蓋歐卡的強大能量反噬下，最終與紅色寶珠產生異樣融合，整個人陷入失神狀態。在戰鬥的高潮中，固拉多利用泥巴射擊反擊，雙方的激戰導致能量大幅震盪，也讓原本操控寶可夢的寶珠產生了共鳴與不穩定。
回歸自然的平衡
隨著戰鬥進入尾聲，紅色與藍色寶珠分別從小皮卡丘與亞當斯的身體中脫離，兩顆寶珠在空中盤旋碰撞，最終化作無數碎片消散於自然之中。失去了寶珠的束縛，蓋歐卡與固拉多恢復了神智，停止了彼此的鬥爭。亞當斯恢復清醒後對自己的行為感到迷惘，而火岩隊的首領赤焰松也意識到人類妄圖掌控自然力量是多麼愚蠢。最後，兩隻傳說中的寶可夢各自回到大海與大地的深處，這場動搖 Hoenn 地區的災難終於平息，小智一行人也與皮卡丘平安重逢，深刻領悟到自然平衡的重要性。