火箭隊的奇襲與意外的爆炸
小智一行人在前往水靜市的旅途中，皮卡丘心情顯得格外愉快。然而，火箭隊突然駕駛著一台名為「急性子1號」的塑膠製巨大機械出現，並利用其具備先制攻擊功能的設計，成功捕捉了皮卡丘。雖然皮卡丘試圖使用「十萬伏特」反擊，但機械的塑膠材質並不導電，導致攻擊無效。正當火箭隊打算逃走時，機械因重量過重導致地盤崩塌，進而引發動力爐爆炸。劇烈的衝擊將小智一行人與火箭隊全體震飛，皮卡丘也因此與眾人失散。
失憶的皮卡丘與喵喵的謊言
喵喵在森林中率先發現了皮卡丘，卻驚訝地發現皮卡丘因為爆炸的衝擊而失去了所有記憶。喵喵見狀心生一計，決定利用這個機會重新洗腦皮卡丘。喵喵對皮卡丘撒謊，宣稱皮卡丘自出生以來就是火箭隊的一員，而小智等人則是企圖抓走牠的惡徒。單純的皮卡丘相信了這番話，並隨喵喵一同前往秘密基地。在路途中，皮卡丘甚至展現出溫柔的一面，主動尋找果實與喵喵分享，這讓喵喵內心產生了一絲動搖與愧疚感，但為了晉升與幹部之位，喵喵仍決定將謊言繼續下去。
秘密基地的重逢與心痛的攻擊
喵喵帶著皮卡丘回到了秘密基地，武藏和小次郎得知狀況後也立即配合演戲，偽裝成皮卡丘的老友。皮卡丘甚至自然地跳到小次郎的肩膀上，這讓火箭隊三人組對未來充滿希望。與此同時，小智在水躍魚和大王燕的幫助下循跡找到了基地。然而，當小智焦急地呼喊皮卡丘時，受騙的皮卡丘卻將小智視為敵人，毫不留情地對小智使出了「十萬伏特」。接連承受強力電擊的小智雖然痛苦萬分，但他立刻意識到皮卡丘是因故失去了記憶，仍不斷試圖喚醒皮卡丘。
羈絆的覺醒與回歸
火箭隊企圖帶著皮卡丘趁亂逃走，小智奮不顧身地跳上火箭隊的熱氣球試圖奪回夥伴。在混亂中，熱氣球再次發生爆炸，小智與皮卡丘一同從高空墜落。在下墜的過程中，小智拚命保護皮卡丘，並溫柔地訴說著過去兩人共同度過的點點滴滴與最高的回憶。這份真摯的情感終於衝破了記憶的枷鎖，皮卡丘在最後關頭恢復了意識，感動地喊出了小智的名字。恢復正常的皮卡丘再次與小智展現完美的默契，以強力的「十萬伏特」將火箭隊擊飛。經此一事，小智與皮卡丘更加深刻體會到彼此的重要性，帶著更加堅定的羈絆，繼續朝著水靜市邁進。