詭異的天氣變化與飄浮泡泡的引導
正當小智一行人朝著擁有第六個道館的茵郁市前進時，氣象發生了極其怪異的變化，短短時間內竟然連續出現了大雨、打雷與暴風雪。此時，一隻「天氣寶可夢」飄浮泡泡出現在他們面前，並引導他們前往附近的「天氣研究所」避難。在研究所中，小智他們結識了所長班特以及新來的研究員米莉。班特所長向大家介紹了研究所的「天氣控制機器」，這台機器能夠模擬並控制各種氣象環境。然而，小剛在面對米莉時，卻感到一種莫名的違和感，平日對美女熱情如火的他，這次竟然提不起勁，這也為後續的發展埋下了伏筆。
水艦隊的突襲與資料爭奪戰
就在大家參觀研究所時，由泉美帶領的水艦隊突然搭乘直升機闖入，企圖強行奪取研究所中關於超古代寶可夢「固拉多」與「蓋歐卡」的珍貴研究數據。水艦隊利用鐵螯龍蝦壓制了研究所的職員，並試圖破解主電腦。班特所長為了保護數據，將存取資料必備的「通行卡」交給飄浮泡泡，要牠趕快交給米莉帶走。小智、小遙、小勝與小剛則協助保護飄浮泡泡，與水艦隊在研究所內展開了激烈的周旋。在此期間，火箭隊也想趁亂偷走天氣控制機器，卻被機器產生的落雷擊飛。
熔岩隊間諜班內的真面目
小智一行人成功與米莉會合，米莉提議將資料複製到磁碟片後刪除主電腦中的原始數據，以防落入水艦隊手中。然而，當水艦隊追上來並威脅要傷害所長時，米莉主動交出了資料。沒想到，米莉隨即露出了真面目——他竟然是熔岩隊中號稱「千面人」的變裝高手「班內」。原來真正的米莉根本還沒抵達研究所，班內利用變裝潛入並成功騙過了所有人（這也解釋了為何小剛的「美女雷達」會失靈）。班內隨後指揮百變怪變身成鐵螯龍蝦阻擋追擊，並帶著超古代寶可夢的數據搭乘滑翔翼逃之夭夭，而功虧一簣的水艦隊也隨即撤離。
事件落幕與新的目標
事件結束後，真正的米莉終於抵達研究所報到，小剛一見到真正的米莉立刻恢復了往常的熱情求愛，這才讓大家確認她是本人。雖然珍貴的數位數據被熔岩隊奪走，但班特所長表示研究所還保留著大量的紙本原始資料，只要大家合力就能重新建立數據庫。米莉與班特所長決定共同努力重建研究所，小智也從這次事件中見識到了熔岩隊與水艦隊之間爭奪超古代寶可夢力量的陰影。帶著重整的心情，小智一行人告別了研究所，繼續朝著近在咫尺的茵郁市邁進，準備迎接下一場道館挑戰。