遺失的徽章盒與巨大的「湖之主」
正在前往下一個道館所在地茵鬱市的小智一行人，在旅途中經過一座廣大的湖泊並在那裡享用午餐。正當小智與皮卡丘興奮地展示目前獲得的五枚徽章，並宣示要挑戰豐緣聯盟時，一隻巨大的「地震鯰」突然從湖中躍出，將小智的徽章盒一口吞下並隨即潛入水中。為了奪回充滿回憶的重要徽章，小智不顧危險跳入湖中，卻意外受困。此時，一位名叫鈴村的老先生及時現身，利用特製的皮卡丘路亞將小智救上岸。
釣魚名人的教導與特訓
這位鈴村老先生自稱是追逐這隻地震鯰長達50年的傳說釣魚名人「蘇先生」。他告訴大家，這隻被稱為「湖之主」的地震鯰已經在湖中生存了超過百年，特別喜歡閃閃發光的東西。在小智的懇求下，鈴村決定傳授他們釣魚的極意，包括尋找水生寶可夢的棲息點以及準確投竿的技術。在練習過程中，小勝展現了驚人的天賦，甚至釣到了一隻普通體型的地震鯰。隨後，「湖之主」巨大的身影再次浮現，小智發誓一定要親手奪回徽章。
火箭隊的亂入與湖上的激戰
與此同時，火箭隊也盯上了這隻巨大的地震鯰，企圖將其捕獲獻給老大。他們趁著小智等人與地震鯰周旋時，利用捕魚裝置強行帶走地震鯰。為了阻止火箭隊，小智派出龍蝦小兵與森林蜥蜴，小剛也派出水躍魚與蓮帽小童協助。在混戰中，地震鯰使出強大的地震招式引發震動。最後，在皮卡丘的強力電擊下，火箭隊再次被打飛，而地震鯰也在此時吐出了小智的徽章盒。小智檢查後發現，所有的徽章都平安無事地找回來了。
大師球的驚人結局
眼看地震鯰準備逃走，鈴村認為50年來的宿命對決終於到了終結時刻。他派出了搭檔寶可夢綿綿（綽號濱ちゃん）與地震鯰展開正面對決。雖然地震鯰擁有地面屬性而不受電擊影響，但鈴村祭出了他花了50年才得到的終極祕策——「大師球」。這顆號稱能捕獲任何寶可夢的傳說之球被擲向地震鯰，沒想到地震鯰竟然在空中張開大嘴，直接把大師球吞進肚子裡後逃之夭夭。儘管捕獲失敗，鈴村卻豁達地表示，這讓他未來又有了繼續釣魚挑戰的樂趣。最後，小智一行人告別了鈴村，帶著找回來的徽章，繼續踏上前往茵鬱市的旅程。