好奇的妙蛙種子與城鎮初體驗
小智一行人抵達了新的城鎮，準備補充食糧與藥品。為了讓剛在禁斷森林收服的妙蛙種子見識外面的世界，小遙將牠從精靈球中釋放出來。這隻妙蛙種子對城鎮的一切都感到非常好奇，不僅試圖吃掉路邊攤位的果實，還誤打誤撞跳上了正在行駛的貨車。小智與小剛為了追回牠，甚至在大街上展開狂奔，最後好不容易才將這隻對人類世界還懵懵懂懂的妙蛙種子帶回。
火箭隊的調包陰謀
眾人隨後來到寶可夢中心，而火箭隊三人組則偽裝成維修人員，在精靈球傳送裝置上動了手腳，計畫將訓練家傳送過來的精靈球調包成假球。此時，小智與大木博士通電話，小遙的妙蛙種子與大木博士研究所中的「前輩」妙蛙種子隔著螢幕見面。小智為了讓兩隻妙蛙種子能直接交流學習，請大木博士將他的妙蛙種子傳送過來，卻沒想到傳送出的精靈球竟然是假球。喬伊小姐與其他訓練家也發現精靈球被調包，真正的精靈球全落入了火箭隊手中。
前輩妙蛙種子的冷靜與領導
火箭隊帶著大批精靈球逃跑，但因為逃亡用的飛行裝置發生爆炸，他們掉落在附近的森林中。小智的妙蛙種子在傳送過程中機警地跟隨火箭隊，並在森林中與追趕而來的小智一行人會合。在尋找據點的過程中，小智的妙蛙種子展現了身為前輩的沉穩，指導小遙的妙蛙種子如何與野生寶可夢溝通獲取情報，並循著火箭隊遺落在地上的精靈球，成功鎖定了火箭隊隱藏的破舊小屋。
奪回精靈球與再次分別
火箭隊躲進堅固的據點並使用卑鄙手段，利用偷來的精靈球釋放出如豪力、火爆猴、大口蝠等寶可夢來阻擋小智，讓小智無法輕易反擊。小智與小剛負責吸引火力，小遙則帶著兩隻妙蛙種子從窗戶潛入內部。兩隻妙蛙種子展現絕佳默契，利用藤鞭配合行動，從小次郎與喵喵手中成功奪回被搶走的精靈球。隨後，小智與皮卡丘也打破防禦進入，合力將火箭隊擊飛。事件解決後，大木博士傳來訊息，表示研究所的草屬性與水屬性寶可夢因失去協調者妙蛙種子而再度發生紛爭，小智雖然不捨，仍決定讓他的妙蛙種子回到研究所繼續維持秩序，眾人也在寶可夢中心與這位可靠的夥伴道別，繼續前往下一個目的地。