神祕森林與消失的小遙
小智、小遙、小剛與小勝在前往下一個城鎮的途中，於一座地圖上未標示的森林中迷路了。就在眾人因導航設備失效、指南針失靈感到困惑時，一隻強大的盔甲鳥突然襲擊，將小遙與她的向尾喵強行帶走，並飛往森林深處的一座神祕大門後方。小智等人試圖追趕，卻被當地的青葉長老與村民阻攔。長老警告，大門後方是人類禁止踏入的「禁斷之地」，凡是闖入者都會遭到草屬性寶可夢的猛烈攻擊。
草屬性寶可夢的樂園
小遙被盔甲鳥放下後，意外在懸崖邊救下了一隻差點跌落的妙蛙種子。雖然禁斷之地內的向日花怪、臭臭花與口呆花等寶可夢對身為人類的小遙充滿敵意，甚至施放「しびれごな」（麻痺粉）發動攻擊，但那隻被救下的妙蛙種子感受到了小遙的溫柔，決定站出來保護她。隨後，小智與皮卡丘不顧危險翻過圍牆進入禁地與小遙會合，他們發現這裡雖然排斥人類，但其實是一個風景優美、宛如世外桃源的寶可夢樂園。
火箭隊的野心與突襲
火箭隊三人組盯上了這片樂園中的寶可夢，打算將最強的寶可夢捕捉後獻給老大。他們駕駛著最新型的捕獲機械「老媽一號」闖入禁地，不僅無視森林的規範，更試圖將所有的草屬性寶可夢一網打盡。面對擁有強力防電裝置的機械，小智與皮卡丘的電擊攻擊完全無效，場面一度陷入混亂。此時，森林的領袖——巨大的妙蛙花現身，牠以強大的威壓感安撫了受驚的寶可夢，並決定親自守護家園。
守護樂園的陽光烈焰
火箭隊一度將妙蛙種子與其他寶可夢抓入機械中，但在小遙的鼓勵與指揮下，妙蛙種子在內部發動「飛葉快刀」破壞機械。隨後，小智與趕來支援的小剛、小勝及村民們一同反擊。戰鬥最後，妙蛙花聚集了強大的太陽能量，使出威力驚人的「陽光烈焰」，直接擊碎了火箭隊的機械，將他們轟飛至天際。青葉長老見到小智一行人為了守護寶可夢所付出的努力，也對人類與這片森林的關係有了新的體認。
新的夥伴與旅程
事件平息後，小智一行人準備告別禁斷之地。就在大門即將關閉之際，那隻對外面世界充滿好奇且深受小遙吸引的妙蛙種子主動跑向小遙，表達了想跟隨她一起旅行的願望。在得到領袖妙蛙花的認可後，小遙正式收服了妙蛙種子。擁有了新夥伴的加入，小智一行人再次懷著愉快的心情，繼續前往下一個冒險地。