尋找水源與蓮帽小童的進化
小智一行人在前往橙華市的途中感到口渴難耐，小剛提議前往附近森林中一處名列「名水百選」的湧泉取水。在森林中，火箭隊突然現身企圖捕捉皮卡丘，此時一隻神祕的太陽岩出現並發射日光束擊退了火箭隊，救了大家。隨後，小剛的蓮葉童子意外掉入一口枯井中，並在眾人面前進化成了蓮帽小童。當眾人到達湧泉所在的村莊時，卻發現原本豐沛的水源已經徹底乾涸。
神聖森林的傳說與太陽岩的冤屈
村中的長輩水婆婆見到蓮帽小童，立刻將其奉為「水的化身」，認為牠能拯救村莊的乾旱。水婆婆主張，這場災難是隨著兩週前隕石掉落而出現的「災厄之神」太陽岩所帶來的。然而，村中的少女美由則試圖用科學方法調查水脈，她不相信太陽岩是兇手。小智也挺身為太陽岩辯護，強調牠剛才才救過皮卡丘。為了求雨，水婆婆帶領村民與蓮帽小童跳起傳統的求雨舞，連森林裡的野生寶可夢也紛紛加入，現場氣氛變得十分熱烈。
火箭隊的陰謀與真相大白
在熱鬧的祭典中，小遙的向尾喵追著自己的尾巴跑進了山洞，美由和小遙隨後跟進，竟發現火箭隊在山洞中架設了巨大的抽水機械。原來，水源乾涸並非天災或詛咒，而是火箭隊為了將名水裝瓶販售牟利，非法截斷並抽取了地下水。就在此時，太陽岩與蓮帽小童在外面和諧地共舞，證明了兩者並非敵對，但水婆婆仍誤以為太陽岩在施展日照詛咒，號召村民攻擊牠。
水與火的協奏曲，降下奇蹟之雨
火箭隊駕駛著抽水機械現身，企圖捕捉太陽岩與蓮帽小童。太陽岩為了守護村民，不顧自己怕水的弱點，擋住了機械噴射的高壓水柱，並旋轉身體發散高熱以彈開水分。最終，小智命令皮卡丘使用十萬伏特將火箭隊擊飛。由於太陽岩持續散發高熱，小剛靈機一動，讓蓮帽小童與水躍魚對著發燙的太陽岩使用水槍，產生的強烈水蒸氣升上天空形成雨雲，終於為村莊降下了久違的大雨。泉水重新湧出，村莊恢復了生機。水婆婆與村民們見識到太陽岩的守護，決定將牠與蓮帽小童一同尊為村莊的守護神。在美由與村民的送別下，小智一行人帶著充實的心情，繼續朝著橙華市邁進。