燈塔寶石失竊與誤會的開端
小智一行人正朝著紫堇市前進，在翻越險峻山路時遇到了濃霧。在此同時，守護山中燈塔的少年和土，其手中的「發光石」被火箭隊的小次郎、武藏與喵喵搶走。和土的姐姐伊豆奈趕到後，發現寶石已失蹤。隨後，小智一行人在霧中與火箭隊狹路相逢，皮卡丘以十萬伏特將火箭隊擊飛，火箭隊在混亂中掉落了發光石。小智撿起寶石時，伊豆奈與和土剛好趕到，誤將小智等人當成小偷並發起攻擊，派出小磁怪對戰，而和土身邊的正電拍拍與負電拍拍則在一旁進行「幫助」招式。
傳說中的勇者與特訓
在解除誤會後，和土發現小智穿著藍色衣服且帶著電氣系的皮卡丘，竟然與村子裡古老石碑記載的傳說完全吻合：當村子面臨危機時，會有一位帶著電閃雷鳴寶可夢的「青衣勇者」現身。和土因此將小智奉為勇者。小智得知和土雖然擁有正電拍拍與負電拍拍，卻因為缺乏自信從未進行過寶可夢對戰。小智以「師父」的身份傳授和土成為勇者的兩大條件：隨時保持笑容以及鍛鍊足夠的體力，並鼓勵和土要與自己的寶可夢建立互信關係。
火箭隊的反擊與絕境
當伊豆奈正在燈塔利用小磁怪的電力點亮光芒時，火箭隊駕駛著新型機器人再次現身，並採取了完善的防電措施，使小磁怪與皮卡丘的電氣攻擊全然無效。火箭隊成功奪走了發光石，並將皮卡丘與小磁怪一併擄走，消失在濃霧森林中。和土因未能及時出戰而深感自責，甚至對小智這位「勇者」感到失望。
信心的力量與最終勝利
小智向和土解釋自己並非真正的勇者，但他深信與皮卡丘之間的羈絆。他大聲呼喊，引導皮卡丘對著發光石發射十萬伏特，利用寶石的光芒作為座標，成功定位了火箭隊的位置。在最後的決戰中，和土終於鼓起勇氣指揮對戰，正電拍拍與負電拍拍對皮卡丘使用「幫助」招式，使其電力突破上限，擊穿了機器人的防禦。隨後，兩隻加油寶可夢互相激勵，釋放出強大的電力招式將火箭隊徹底擊飛。事件結束後，燈塔恢復了光明，和土也找回了自信，並約定未來變得更強後要與小智進行對戰。小智一行人告別了這對姐弟，繼續踏上前往紫堇市的旅程。