神祕的失蹤事件
小智、小遙、小剛與小勝正朝著紫堇市前進，途中在山道上的寶可夢中心稍作休息。然而，他們發現中心內空無一人，且皮卡丘在室內聞到了「粉末」的味道。小剛與小勝隨後在監控室發現了關鍵畫面，影像顯示一隻神祕的狡猾天狗闖入中心，使用眠粉讓喬伊小姐昏睡後將她強行帶走。根據圖鑑記載，狡猾天狗居住在樹齡超過千年的大樹頂端，眾人推測喬伊小姐被帶往了森林深處的那棵千年巨樹，於是立即動身展開救援行動。
森林中的重重阻礙
在前往巨樹的途中，小智一行人遭到了森林中寶可夢的集體攻擊。狡猾天狗的同伴們，包括走路草、橡實果與長鼻葉，為了阻止人類接近，紛紛使用眠粉與各種招式阻撓。小遙派出狩獵鳳蝶使用烈暴風吹散眠粉，並在面對橡實果群時，聽從小勝的建議派出火稚雞使用火花擊退對手。與此同時，火箭隊也覬覦著狡猾天狗那如同扇子般的手，幻想將其獻給老大作為消暑工具，因而尾隨在小智等人後方，企圖坐收漁翁之利。
綁架背後的真相
當小智一行人終於突破長鼻葉的防線來到巨樹頂端時，驚訝地發現喬伊小姐安然無恙。原來，狡猾天狗之所以帶走喬伊小姐，是因為牠的一位長鼻葉同伴患了重病，極度衰弱，狡猾天狗是為了求救才出此下策。此前所有對小智等人的攻擊，都是為了保護正在接受治療的同伴。此時，小智正為了救回喬伊小姐而與狡猾天狗展開激烈的對戰，派出木守宮與狡猾天狗戰成平手，直到喬伊小姐現身阻止了戰鬥，誤會才終於冰釋。
攜手治療與離別
為了徹底治癒長鼻葉，喬伊小姐需要寶可夢中心內的特定藥品。由於距離遙遠，小剛提議由他騎乘狡猾天狗以最快的速度來回取藥。在狡猾天狗驚人的跳躍力協助下，藥品及時送達。經過喬伊小姐與大家的細心照顧，患病的長鼻葉終於恢復了精神。火箭隊在途中一度想要趁亂抓走體力消耗的狡猾天狗，卻被狡猾天狗強大的風力直接吹飛。最後，森林的寶可夢們恢復了往日的和平，小智一行人告別了喬伊小姐，帶著對森林羈絆的感悟，繼續踏上前往紫堇市的旅程。