巧遇小田卷博士與神祕的秘密基地
為了準備武鬥道館的再挑戰，小智、小遙、小勝與小剛正在島上勤奮地進行晨練。過程中，他們意外遇見了正在進行野外調查的小田卷博士。博士向大家介紹了武鬥島特有的寶可夢生態。在跟隨博士探索的過程中，一行人在山洞深處發現了一扇門，進入後發現裡面竟然是一個精緻的「秘密基地」。這座基地的擁有者是一位名為和樹的少年，他正帶著夥伴土居忍士在此生活。由於和樹性格較為排外，他誤以為小智等人是入侵者，便下令土居忍士使用亂擊將眾人趕了出去。
火箭隊的強佔與雙重組織的對峙
一直尾隨在後方的火箭隊三人組發現了這個舒適的基地，隨即武力介入將和樹與土居忍士趕走，打算將此處作為火箭隊在豐緣地區的支部，甚至還向坂木老大進行了視訊報告。然而，平靜很快被打破，豐緣地區的兩大神祕組織——火岩隊與海洋隊同時出現在這座山洞中。火岩隊的行動隊長火村與海洋隊的作戰隊長泉美在遺跡前展開對峙，雙方為了尋找傳說中的「朱紅色寶珠」與「靛藍色寶珠」，以及追求「陸地」與「海洋」的力量而互不相讓。
遺跡的真相與組織的撤離
儘管兩大組織氣氛劍拔弩張，但在經過調查後，他們發現這座遺跡並非傳說中的「覺醒之祠」，而僅僅是古代人建造的祈禱之塔，現場並未感應到目標物。火岩隊與海洋隊判斷此處沒有利用價值後，便迅速撤離。隱藏在一旁的小智一行人這才得知這兩個邪惡組織的存在，並在和樹的請求下，決定幫他奪回被火箭隊佔領的秘密基地以及被抓走的土居忍士。
勇氣的覺醒與全新的目標
小智鼓勵一直對寶可夢對戰缺乏信心的和樹，強調只有他能救回自己的夥伴。在小智的激勵下，和樹鼓起勇氣衝向火箭隊。小智下令皮卡丘使用鐵尾切斷綑綁土居忍士的絲線，隨後和樹指揮土居忍士使出威力強大的「秘密力量」，成功將火箭隊擊飛。經此一役，和樹找回了自信，並明白到對戰是為了守護重要的事物。最後，和樹與小智約定好會持續變強，小智一行人也帶著對神祕組織的疑問，繼續踏上修行的旅程。