石之洞窟的突發意外
小智一行人繼續在武鬥島進行修行。某天清晨，當他們結束訓練準備返回營地吃早餐時，因為小智的龍蝦小兵在洞窟中胡鬧，意外驚醒了沉睡中的吼爆彈。吼爆彈發出的巨大聲響引發了混亂，小剛雖然派出佛烈托斯使用高速旋轉在牆上開洞帶領大家逃離，但在混亂中，皮卡丘、火稚雞、木守宮、水躍魚、龍蝦小兵、甲殼繭與蓮葉童子等寶可夢與小智他們走散了。
寶可夢們的森林冒險
走散的寶可夢們在森林中穿梭，試圖尋找小智等人的蹤跡。在過程中，性格好戰且粗魯的龍蝦小兵不斷與木守宮發生摩擦。隨後，這群寶可夢遇到了一群居住在森林裡的長鼻葉。由於龍蝦小兵粗魯的行為，不小心弄傷了其中一隻長鼻葉頭上的葉子，這激怒了視葉子如生命的長鼻葉族群。長鼻葉們隨即使用草笛干擾寶可夢們的行動，並將牠們困住帶往領地。
火箭隊的卑劣計畫
一直尾隨在後的火箭隊三人組發現了被長鼻葉包圍的寶可夢們。喵喵透過翻譯得知長鼻葉們正因為葉子受損而怒火中燒。武藏和小次郎決定趁虛而入，利用特製的防電與防割強化網，不僅抓住了皮卡丘，連同這群愛惡作劇的長鼻葉也一併捕獲，準備利用氣球帶走。此時，小智一行人也透過傲骨燕的指引趕到了現場。
團結一心的救援行動
看到皮卡丘與長鼻葉被困在氣球上，小智展現出驚人的勇氣，要求龍蝦小兵對自己使用「蟹鉗錘」，藉由反作用力將自己彈飛到高空的氣球上。小智拼命嘗試解開特製的繩索，而長鼻葉們被小智保護寶可夢的精神所感動，也開始在網中幫忙。最後，在龍蝦小兵與木守宮的聯手攻擊下，成功擊毀了火箭隊的氣球，將火箭隊轟向天際。
化敵為友的結局
經歷了這場騷動，長鼻葉們理解到小智與寶可夢們並無惡意，雙方化解了誤會並成為朋友。小剛向大家解釋，長鼻葉雖然被稱為「壞心眼寶可夢」，但其實也有善良的一面。這次的意外讓小智的寶可夢們彼此間的羈絆更加深厚，也為接下來的武鬥體育館挑戰賽累積了更多默契。小智一行人告別了長鼻葉，繼續踏上獲取第二枚徽章的旅程。