前往石之洞窟尋找大吾
在武鬥道館賽中敗北的小智，為了在武鬥島進行深刻的修行，聽從德文製造股份有限公司茲伏奇社長的建議，與同伴們前往「石之洞窟」尋找社長的兒子——大吾。大吾不僅是一位實力高強的寶可夢訓練家，同時也是一名熱衷於蒐集珍貴石頭的愛好者。小智希望能向大吾請益關於島上修行的最佳場所。
意外的地層崩塌與人員分離
一直在暗中跟蹤的火箭隊在洞窟內挖掘了落穴陷阱，卻沒想到因過度挖掘導致地層崩塌，所有人連同火箭隊一起掉入了洞窟深層並走散。在混亂中，眾人分成了三組行動：小勝、皮卡丘與喵喵意外組成一隊；小智、小剛與小次郎落入另一處；而小遙則與武藏被困在一起。在尋找出口的過程中，喵喵甚至向小勝吐露了自己學習人類語言的感人往事。
大吾現身與群情激憤的可可多拉
小智組在探索時意外驚動了成群居住在洞窟中的野生可可多拉，遭到牠們瘋狂的追擊；小遙與武藏也遇到了性格粗暴的吼爆彈。關鍵時刻，小勝一組遇到了正在採礦的大吾及其搭檔可可多拉。大吾憑藉著對洞窟地形的瞭解，帶著小勝等人前往救援被困的同伴。
波士可多拉的壓倒性實力
眾人終於在洞窟底部的瀑布附近會合，但憤怒的可可多拉族群也包圍了過來。大吾展現出卓越的領導力，命令他的可可多拉使用「吼叫」平息了野生群體的怒氣，成功化解危機。沒想到火箭隊在獲救後立刻翻臉企圖捕捉皮卡丘，大吾於是派出進化形波士可多拉，以一記威力強大的「破壞光線」將火箭隊擊飛。
新的修行之地
在可可多拉的幫助下，大吾終於找到了他一直在尋找的「炎之石」。大吾感謝小智等人的出現，並帶領他們來到島嶼後方一處自然環境優美且安靜的入江。他建議小智將此處作為修行據點。在與大吾告別後，小智看著寬廣的大海，再次燃起挑戰武鬥道館的鬥志，準備在此展開全新的特訓。