小勝的失誤與意外的邂逅
在卡那茲市成功獲得石之徽章後，小智一行人準備前往下一個目的地「武鬥島」。然而，小勝在途中不小心弄壞了小遙的「寶可夢導航器」，為了不讓姐姐發現，他顯得心神不寧。在街上，小勝遇見了一位拿著奇怪發明且行為古怪的老先生，這位老先生在得知導航器損壞後，提議帶小勝前往當地著名的「得文製造股份有限公司」進行修理。
潛入得文公司與驚人的科學技術
來到得文公司後，小勝驚訝地發現這位老先生竟然就是公司的總裁「茲伏奇社長」。茲伏奇社長帶領小勝參觀了公司內部的先進設施，包括開發中的「寶可夢夢境影像化裝置」以及最受矚目的「寶可夢化石復活機器」。社長解釋，這項技術能從化石中提取DNA並讓絕種的寶可夢重生。小勝對此深感佩服，並向社長透露自己未來想成為館主的夢想。
水艦隊的現身與失竊事件
就在此時，一名偽裝成研究員的神祕男子（水艦隊成員）潛入公司，偷走了兩瓶重要的「生化膠囊」。與此同時，火箭隊三人組也穿著白衣試圖混入公司竊取財寶，卻因沒有ID卡而被君莎小姐盯上。茲伏奇社長與小勝發現了神祕男子的蹤跡並展開追擊，雙方在公司大樓的屋頂對峙。隨後趕到的小智與小剛、小遙在秘書黑田的指引下也加入了戰局。
屋頂的對決與新的旅程
神祕男子派出強悍的「鐵螯龍蝦」發動攻擊，其威力強大的「蟹鉗錘」讓皮卡丘陷入苦戰。火箭隊在此時亂入試圖漁翁得利，卻意外造成混亂。在混戰中小勝發揮勇氣，成功奪回了被搶走的膠囊，而火箭隊則被皮卡丘的十萬伏特打飛。男子眼見計畫失敗，搭乘預先準備的小型火箭逃離現場。事後，君莎小姐提到這可能是名為「水艦隊」的地下組織所為。
啟程前往武鬥島
事件平息後，茲伏奇社長請研究員修好了小遙的導航器。社長還透露他的兒子「大吾」目前正在武鬥島，建議小智如果遇到困難可以尋求他的幫助。小勝在最後時刻成功將修好的導航器還給小遙，保住了面子。帶著對新組織「水艦隊」與「熔岩隊」的疑慮，以及對下一個道館挑戰的期待，一行人正式朝向武鬥島出發。