走進寶可夢保護區
小智、小遙、小勝與小剛一行人在前往卡那茲米市的旅途中，路經一座生機蓬勃的森林。小勝對於能近距離觀察到蛇紋熊、驚角鹿、蘑菇兒等野生寶可夢感到萬分雀躍。隨後，他們遭遇了一群威猛的大狼犬，正當小智準備讓皮卡丘迎戰時，森林保育官卡庫里現身阻止。原來這裡是一座寶可夢保護區，專門收容並照顧受傷或患病的寶可夢，而大狼犬們則是負責守護這片土地的夥伴。
小勝與土狼犬的約定
在保護區中，小勝注意到一隻特別的土狼犬。這隻土狼犬與其他早已進化的大狼犬是同期出生的，卻唯獨牠遲遲沒有進化。卡庫里解釋，寶可夢的進化有各自合適的時機，強求不得。然而，渴望親眼見證進化瞬間的小勝，卻急於幫助土狼犬，甚至試圖透過特訓讓牠學會「咬碎」招式。小勝甚至一度動了歪腦筋，想請求小智放水輸給土狼犬以換取經驗值，但被小智與小遙嚴正拒絕，小智告訴他，真正有意義的進化是透過與夥伴共同克服困難而來的。
火箭隊的陰謀與偽造機器
與此同時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵也潛入了保護區，並設下陷阱大肆捕捉寶可夢。為了誘騙小勝，他們偽裝成科學家，展示了一台拙劣的「寶可夢進化機器」。小勝起初感到懷疑，但火箭隊趁其不備，強行將土狼犬關入機器中並引發煙霧，隨後現出原形，將土狼犬、皮卡丘以及其他捕獲的寶可夢一併帶走。
進化的神祕時刻
在危急關頭，小智利用傲骨燕發動攻擊攔截火箭隊的去路。小勝隔著捕獲網不斷鼓勵土狼犬，告訴牠即便不進化也是最棒的寶可夢，並引導牠發揮潛能使用「咬碎」。土狼犬在激勵下爆發力量，成功咬斷網子救出所有同伴。隨後皮卡丘施展十萬伏特將火箭隊擊飛。戰鬥結束後，感受到小勝心意的土狼犬散發出進化的光芒，在眾人見證下正式進化為大狼犬。小勝與小遙第一次感受到了寶可夢進化的神祕與感動，帶著這份經驗，一行人繼續邁向新的冒險。