前往古辰鎮與小遙的初次收服
小智與新手訓練家小遙在前往古辰鎮的途中，小遙因為失去了腳踏車而步履蹣跚。途中他們遇到了一隻可愛的水鼠寶可夢露力麗，小遙在不了解收服規則的情況下直接投擲精靈球卻宣告失敗。小智解釋必須先透過對戰削弱對方，小遙隨即派出火稚雞應戰。然而，火稚雞在對戰瑪力露與瑪力露麗時陷入苦戰，身為火屬性的牠被水屬性招式重創，小智見狀趕緊帶領小遙前往最近的寶可夢中心治療。
古辰遺跡與梅茲教授的調查
在前往寶可夢中心的路上，兩人遇見了正在調查「古辰遺跡」的梅茲教授。梅茲教授向他們介紹了這座遺跡的傳說，據說遺跡內存在著連接古代寶可夢世界與現代世界的門戶，且內部生活著從遠古時代就未曾改變外貌的「古代寶可夢」。隨後，小智在寶可夢中心聯絡了大木博士，向其報告抵達豐緣地區並完成聯盟登記的消息，小遙也興奮地與家喻戶曉的大木博士打招呼。
神秘組織火岩隊的陰謀與入侵
此時，坂木老大命令武藏、小次郎與喵喵在豐緣地區建立火箭隊的據點，這讓三人組燃起野心。然而，真正的威脅卻是神秘的「火岩隊」。火岩隊為了進入古辰遺跡的石室，強行切斷寶可夢中心的電源，並綁架了梅茲教授。電力中斷導致寶可夢中心的治療設備停擺，威脅到包含火稚雞在內的所有受訓寶可夢。小智與小遙透過通風口逃脫後，成功切換至備用電源並救出喬伊小姐，小智則趕往遺跡營救教授。
古代寶可夢的現身與新的旅程
火岩隊利用掌握的四個寶玉強迫梅茲教授開啟石室，他們在石室內掃描了古代文明的壁畫數據後撤離，表示此處並非他們尋找的目標。火箭隊隨後出現想趁機搶奪遺留的寶玉，卻被小智與皮卡丘以十萬伏特擊飛。在清晨陽光的照耀下，遺跡內部的秘密通道被開啟，眾人發現了與大海相連的地下水脈，並親眼目睹了古代寶可夢——古空棘魚。這次奇妙的經歷讓小遙對寶可夢世界有了更深的體會。最後，火稚雞康復出院，小智與小遙帶著期待的心情，正式前往第一個道館所在地——橙華市。」