抵達常青鎮與分別的預感
在城都聯盟的白銀大會結束後，小智、小霞與小剛一行人踏上了返回故鄉真新鎮的旅程。途中，他們在常青鎮的寶可夢中心稍作休息。在那裡，喬伊小姐轉達了華藍市三位姐姐給小霞的留言：她們抽中了世界旅行的機票，要求小霞立刻回去看守華藍道館。與此同時，喬伊小姐還將修復完成的自行車還給了小霞。這輛曾經因為小智而損壞、成為兩人結伴旅行契機的腳踏車，如今完好如初，卻也象徵著兩人的旅行即將畫下句點。小霞心中萬分不捨，對於即將到來的離別感到既傷感又混亂。
最後的共同戰鬥與夥伴的告別
正當小霞情緒低落時，鎮上的「寶可夢最強兄弟」前來挑釁。對方不守信用地以三對一的方式包圍小霞的牛蛙君，小智與小剛見狀立刻挺身而出，展開了一場三對三的對決。然而，火箭隊突然現身並利用陷阱困住了所有人。在混戰中，最強兄弟與火箭隊因報酬問題發生內鬨，小智一行人趁機脫困並發動反擊，展現了長期旅行培養出的完美默契，成功將火箭隊擊飛。戰鬥結束後，小霞與小剛正式向小智告別。小剛也透露自己收到了家裡的信件，需要回去尼比市處理家務。三人走到了分岔路口，小霞與小剛最後送上了便當與手帕作為紀念，三人在夕陽下含淚揮別，各自走向不同的歸途。
與宿敵的再會與新的決意
回到真新鎮家中的小智，隔天一早得知宿敵小茂也回到了家鄉。小智趕往大木研究所，卻發現小茂為了「回歸初心」，決定放下除了水箭龜以外的所有寶可夢，再次踏上研究寶可夢的全新旅程。小智與小茂在研究所外重逢，並分享了當初平分的一半寶可夢球，小茂的決斷深深觸動了小智。就在小智思考未來時，他再次於天空中看見了傳說中的寶可夢「鳳王」朝著南方的豐緣地區飛去。受到鳳王的啟發，小智決定效仿小茂，僅帶著皮卡丘前往全新的地區挑戰，重溫最初旅行的悸動。
全新的裝束，向豐緣地區出發
出發前夕，火箭隊再度布下陷阱企圖奪取皮卡丘。小智雖然身陷困境且同伴不在身邊，但他看著小剛留下的便當與小霞送的手帕，感受到夥伴的意志與自己同在，最終與皮卡丘合力使出十萬伏特將火箭隊擊飛。回到研究所後，花子媽媽為小智準備了全新的衣服與背包，大木博士則贈送了內含豐緣地區資料的新型寶可夢圖鑑。在小建與眾人的送行下，小智搭上了前往豐緣地區的船隻。全新的冒險舞台、未知的寶可夢與強大的競爭對手正等待著他，小智再次踏上了成為寶可夢大師的夢想之路。