遇見神祕的未知圖騰
小智一行人為了參加城都聯盟的白銀大會，同時也要送由基拉回到故鄉，終於抵達了白銀山。就在此時，天空出現異象，一隻虛弱的未知圖騰從空中掉落並撞到了小霞。透過這次接觸，小霞感應到了未知圖騰內心的不安，以及牠極度渴望回到同伴身邊的情緒。儘管小剛提到未知圖騰多半居住在異次元世界，極難抵達，小智仍堅定地承諾一定要幫助這隻落單的未知圖騰回到家園。
墜入由基拉的心靈世界
火箭隊的武藏、小次郎與喵喵現身企圖搶奪這隻稀有的未知圖騰。在戰鬥中，由基拉為了保護同伴使出「覺醒力量」，卻被果然翁的招式反彈。未知圖騰在危急時刻觸發了防禦本能，發出強光將小智、小霞、小剛以及皮卡丘與波克比全數捲入了一個奇異的空間。在這個空間裡，皮卡丘與波克比變得巨大無比，周遭還出現了電擊怪、鴨嘴寶寶及呆呆王等影像。小剛敏銳地觀察到，這裡其實是由基拉的內心世界，所有景象都是由基拉出生至今所見過的記憶殘影。
揭開由基拉的悲傷過去
眾人在這個心靈空間中深入探索，意外目睹了一段令由基拉深陷恐懼的記憶：那是由基拉還是蛋的時候，被一群殘暴的寶可夢獵人從母體身邊強行奪走，而由基拉的母親班基拉斯為了保護孩子，在戰鬥中受到重傷。這段殘酷的經歷解釋了由基拉為何出生後始終對人類封閉心靈。在空間的中心，眾人看見由基拉被象徵悲傷記憶的黑色荊棘囚禁，牠因為害怕再次受到傷害而拒絕與外界溝通。
解開心中枷鎖與離別
看著由基拉痛苦的模樣，小智拚命衝進荊棘中，真誠地告訴由基拉，雖然世上有壞人，但牠身邊現在有許多愛牠的同伴，且這段旅程中也有許多美好的回憶。在小智與皮卡丘的溫暖呼喚下，由基拉終於放下了戒心，冰冷的心靈被眾人的友情融化。回到現實世界後，由基拉顯得開朗許多，不再害怕他人的觸碰。最後，成群的未知圖騰現身接回了受傷的同伴，消失在異次元。小智一行人與由基拉的情誼更加堅定，繼續朝著由基拉的故鄉邁進。