空木博士的委託與意外的重逢
正當小智一行人為了參加城都聯盟白銀大會，朝著若葉鎮繼續旅行時，他們在途中停留的寶可夢中心接到了空木博士的視訊通話。空木博士除了祝賀小智成功收集到八枚徽章，也委託他們前往「寶可夢海洋研究所」代為領取一顆具有特殊背景的寶可夢蛋。來到研究所後，眾人遇見了所長奈津美，她正利用電燈怪發出的超音波，觀測一群定期回游的拉普拉斯。令小智驚喜的是，這群拉普拉斯中，有一隻正是他在橘子群島旅行時曾經一起戰鬥、後來回歸族群的夥伴。經過一段時間的成長，當年的拉普拉斯已經變得高大且強壯。
拉普拉斯群的危機：火箭隊的惡行
奈津美向眾人說明，她正在研究拉普拉斯群回游的機制，特別是牠們之間被稱為「旅途之歌」的溝通音波。就在此時，惡名昭彰的火箭隊駕駛著改裝後的「機械暴鯉龍」潛水艇突然現身，並投下巨大的捕獲網，打算將整個拉普拉斯族群一網打盡。雖然小智試圖反擊，但火箭隊利用雙彈瓦斯的煙幕遮蔽視線，強行將被網住的拉普拉斯群拖入海中。為了營救同伴，小智騎上他的拉普拉斯展開追擊，奈津美則帶領小霞與小剛駕駛研究所的潛水艇跟上。
超越激流的歌聲：跨越海洋的牽絆
在混亂的追逐中，由於海流過於湍急，火箭隊的機械裝置發生故障，導致捕獲網破裂，大部分的拉普拉斯得以脫困，但族群的領袖與拉普拉斯媽媽卻被激流捲走，並再次被火箭隊捕獲至一座荒島。儘管奈津美的儀器無法在嘈雜的海流聲中定位，但小智的拉普拉斯憑藉著與同伴之間深厚的羈絆，聽見了領袖與媽媽發出的「旅途之歌」。在拉普拉斯的指引下，眾人成功抵達荒島，並與火箭隊展開激戰。小剛派出叉字蝠擾亂對手，皮卡丘則以電光一閃救出受困的拉普拉斯。最終，在拉普拉斯群集體的冰凍光束與皮卡丘的雷電攻擊下，再次將火箭隊打飛。
新領袖的誕生與邁向白銀山的考驗
戰鬥結束後，原本的拉普拉斯領袖看中了小智那隻拉普拉斯在戰鬥中所展現的勇氣與領導能力，決定退位讓賢，鼓勵牠成為族群的新領袖。看著曾經的小夥伴如今肩負起保護族群的重任，小智雖然不捨，但也感到無比自豪。在完成領取寶可夢蛋的任務後，奈津美表示這顆蛋是從白銀山的保護區被盜獵者偷走後尋回的，希望小智將其交給空木博士進行健康檢查。帶著珍貴的蛋與對拉普拉斯的祝福，小智一行人告別了奈津美，繼續向著最後的目的地若葉鎮前進。