牛蛙君與意外的誤會
小智、小霞與小剛在前往下一個道館所在地煙墨市的旅途中，來到美麗的湖畔享受午餐時光。午餐後，眾人稍作休息，小霞的牛蛙君因為習慣性地拍手鼓掌，意外吸引了正在尋找離家出走夥伴的啦啦隊少女「娜比」。娜比誤將小霞的牛蛙君當作是自己的牛蛙君「賓恩」，不顧三七二十一便將牠帶走參加啦啦隊特訓。
兩個牛蛙君的奇遇
就在小智一行人發現牛蛙君失蹤並展開搜索時，不幸落入了火箭隊精心準備的落穴陷阱。在那裡，他們遇到了真正的「賓恩」。賓恩展現出強大的戰鬥力，讓火箭隊驚嘆不已，甚至試圖誘騙賓恩簽署所謂的「入團契約書」。幸好小智與皮卡丘及時發動攻擊，將火箭隊暫時擊飛，並在隨後與賓恩一同尋找娜比的下落。
啦啦隊的夢想與嚴厲特訓
小智等人找到了正在練習啦啦隊表演的娜比。娜比發現自己帶回來的牛蛙君雖然節奏感極佳，能帶動毽子棉、向日花怪與美麗花等隊員的情緒，但終究不是真正的賓恩。娜比向眾人坦承，她為了贏得啦啦隊全國大賽的冠軍並成為名人，對隊員們非常嚴厲，這才導致了賓恩的負氣出走。在一次練習失誤中，娜比只顧著責備隊員不夠專注，而忽視了牠們的傷勢，這讓小霞感到不滿並出面指責，教導娜比應該先關心夥伴的感受。
領悟初心與兩隻牛蛙君的聯手
在小霞的提點下，娜比流淚悔悟，意識到自己過於執著於比賽名次，而忘記了啦啦隊最初「帶給人們勇氣與活力」的本質。此時，火箭隊捲土重來，利用特製的強力黏著膠陷阱抓住了皮卡丘與整支啦啦隊。賓恩看見娜比為了保護牠而受傷，深受感動並決定回歸戰鬥。賓恩與小霞的牛蛙君展現了驚人的默契，聯手發動「水槍」洗掉黏膠，隨後小智巧妙利用現場積水的導電特性，讓皮卡丘發動強大的「打雷」，將火箭隊徹底擊飛。
迎向未來的應援聲
事件解決後，賓恩與娜比重歸於好，並學會了像小霞牛蛙君那樣以更有節奏感的掌聲來領導團隊。娜比決定帶著這份新的領悟，繼續帶領她的精靈啦啦隊，為更多的人帶來歡笑。小智一行人也在啦啦隊充滿活力的應援歌聲中，再次踏上旅程，前往喬托地區的最後一個道館所在地。