意外的發現與草屬性研究者的相遇
小智一行人正朝著擁有最後一個道館所在的煙墨市旅行。途中，皮卡丘發現了幾隻體力衰弱的走路草，小剛隨即拿出特製的寶可夢食物為牠們補充體力。在走路草的引導下，眾人來到了一棵樹齡達千年的巨木前。在這裡，他們遇見了專門研究草屬性寶可夢的學者塞加。塞加告訴小智，這裡原本是走路草、臭臭花及其兩種進化型態——美麗花與霸王花的棲息地，但這兩群寶可夢正為了爭奪領土而發生激烈的衝突。
風與進化之謎：分歧進化的奧祕
小剛指出，臭臭花進化成美麗花需要「太陽之石」，而進化成霸王花則需要「葉之石」。塞加進一步解釋，這片區域的獨特之處在於風。當東北風吹過時，風中攜帶的葉之石微粒會讓臭臭花進化為霸王花；而西北風吹過時，風中的太陽之石微粒則會引導臭臭花進化為美麗花。然而，這種因風向而異的進化方式，卻導致了兩大陣營勢力的不平衡。每當巨木的陰影隨著日照移動，美麗花與霸王花就會為了爭奪陽光充足的地盤而大打出手，導致像剛才那幾隻走路草因厭惡爭鬥而離家出走。
火箭隊的介入與風暴的危機
正當小智試圖調解紛爭時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵現身了。他們在研究所偷走了治療麻痺粉的藥錠，並計劃趁著這群寶可夢混戰時一網打盡，送給老大作為禮物。此時，一場罕見的風暴來襲，東北風與西北風劇烈交替，導致臭臭花大量且頻繁地進化，美麗花與霸王花的數量暴增，衝突也隨之升級至前所未有的程度，整個草地陷入了麻痺粉飛散的混亂局面。
互相理解與團結對外
在混亂中，小霞發現有幾隻霸王花與美麗花相處得非常融洽，並未參與戰鬥。透過喵喵的翻譯，眾人才得知這幾隻寶可夢雖然因為「風的惡作劇」進化成了自己不理想的型態（想成為美麗花的進化成了霸王花，反之亦然），但牠們因此學會了尊重與自己理想型態相同的對方，從而消除了敵意。小霞藉此開導其他寶可夢，強調不論進化成什麼樣子，大家最初都是同樣的夥伴，應該珍惜當下的模樣。最後，當火箭隊再次發動攻擊時，原本對立的兩群寶可夢在小智的月桂葉引領下，團結一致釋放強大的麻痺粉並配合月桂葉的藤鞭，將火箭隊擊飛到遠方。
重歸於好的草地樂園
經過這次事件，美麗花與霸王花終於放下了成見，學會了在巨木周圍和平共處。那些離家的走路草也回到了溫暖的家園。小智一行人告別了塞加與這群可愛的草屬性寶可夢，懷著愉快的心情，再次踏上前往煙墨市的旅程。