誤入地下神殿與神祕的天然鳥
小智、小霞與小剛在前往卡吉鎮挑戰第七個道館的途中，意外掉進了火箭隊挖掘的深坑，卻因此發現了一處神祕的地下空間。在那裡，他們遇見了正急忙趕往祭典現場的少女巫師美子子。美子子與三隻被稱為「精靈寶可夢」的天然鳥一同生活，而當地的村民們長久以來都非常依賴天然鳥的預言來決定生活中的大小事，甚至是每天的天氣預報。
百年的洪水預言與巫師的動搖
美子子向小智一行人解釋，天然鳥平時靜止不動是在觀測過去與未來。然而，身為第13代繼承者的美子子內心非常焦慮，因為天然鳥年事已高，預言能力似乎有所衰退，她有時甚至得用現代天氣圖的數據來「協助」天然鳥完成占卜，以維持村民的信心。此時，天然鳥預言了百年前留下的神祕預言——一場足以淹沒祭壇的「大洪水」即將在明天到來，但氣象衛星數據卻顯示有99%的機率不會發生洪水。美子子陷入了科學與信仰的矛盾，擔心若預言失準，天然鳥會失去村民的信任。
火箭隊的亂入與武藏的氣象姐姐生涯
在眾人討論時，火箭隊的武藏意外透露自己曾有過擔任「氣象姐姐」的複雜過去，雖然最後因為預報不準被解雇，但她對天氣圖的解讀讓眾人驚訝。隨後，火箭隊試圖奪取村民供奉給天然鳥的寶物。此時，羅德島（總部）的信使鳥突然現身，原以為是強援，沒想到信使鳥是來向火箭隊三人組催討貸款與會費的。在混戰中，信使鳥使用「禮物」招式攻擊，卻歪打正著地治癒了受傷的天然鳥，讓牠們的力量完全恢復。
預言修正與命運的開拓
恢復力量的天然鳥突然修正了預言，指出洪水不是明天，而是「就在當下」。隨著暴雨驟降，洪水瞬間席捲山谷。天然鳥在此刻透過心電感應對美子子傳達了重要的教誨：占卜是為了帶給人勇氣，但不應盲目依賴，每個人都應該主宰自己的生存方式。在洪水吞噬一切的前一刻，天然鳥使出「瞬間移動」將眾人帶往安全的高地。村民們驚險獲救，而火箭隊則在催債信使鳥的追趕下，再次在混亂中化作流星。
邁向新的未來
災後，美子子決定不再受限於巫師的身份，她決定前往城市發揮所長，成為一名真正的氣象預報員，用科學與天然鳥的力量守護更多人。看到美子子勇敢決定自己的未來，小智一行人也深受啟發，揮別了美子子與天然鳥，繼續朝著卡吉鎮的方向前進。