圓朱市的異象與失竊的透明鈴鐺
小智、小霞與小剛原本正準備離開圓朱市前往下一個道館所在地卡吉鎮，卻在城郊聽見了奇異的鈴鐺聲。這股聲音源自於圓朱市神聖的「鈴鐺塔」，根據傳說，鈴鐺塔的鈴鐺平時不論風吹都不會響，唯有在鳳王降臨時才會發出鳴響。圓朱道館館主小松與寶可夢研究者米那基發現，供奉在塔頂的四個「透明鈴鐺」竟然被盜走了，而塔中其餘的鈴鐺之所以鳴響，是為了向世人警告這場神聖之物的失竊。
鳳王的傳說與三隻使者
小松向眾人解釋，三百年前鈴鐺塔曾毀於火災，鳳王利用「再生之力」讓三隻在火中喪生的寶可夢重生，成為了監視人類的使者：北風的化身「水君」、火山的化身「炎帝」以及雷電的化身「雷公」。唯有人類與寶可夢達成真正的信賴與調和時，鳳王才會再度現身。當米那基得知小智曾親眼見過鳳王與水君後，對此感到非常震驚且嫉妒。為了證明小智是否有資格獲得水君的認可，米那基向小智發起了寶可夢對戰。
憤怒的森林寶可夢與火箭隊的惡行
就在對戰進行到一半時，森林中大量的野生寶可夢如蔓藤怪、派拉斯特、蜘蛛寶可夢等突然佔領了鈴鐺塔，並用絲線將周圍封鎖，拒絕人類靠近。原來這一切的始作俑者是火箭隊，他們不只偷走了透明鈴鐺，武藏更在試圖讓鈴鐺發聲時，不慎打碎了其中一個。由於透明鈴鐺具有守護寶可夢調和的力量，其中一個被毀壞導致森林的平衡崩潰，使得野生的寶可夢們陷入極度的憤怒與敵意，甚至將闖入森林的火箭隊成員也一併束縛。
水君現身與平息紛爭
小智一行人趕到現場後試圖說服憤怒的寶可夢，但由於寶可夢們已對人類失去信任，紛紛發動攻擊。此時，傳說中的寶可夢「水君」突然現身，並以其強大的力量瞬間淨化了森林中的混亂氣息，讓失控的寶可夢恢復冷靜。米那基見到夢寐以求的水君，立刻派出胡地企圖收服牠，但水君展現出絕對的壓制力，並在留下一聲咆哮後消失在森林盡頭。隨著水君的離去，天空出現了彩虹，象徵著鳳王的寬恕與監視。最後，雖然透明鈴鐺未能完好如初，但小智與小松、米那基約定，將繼續為了建立人與寶可夢和平共處的世界而努力。