意外的旅程與大木博士的求援
小智、小霞與小剛正朝著下一個道館所在地卡吉鎮前進。在前往圓朱市的途中，他們遇到了一名飛行船駕駛員吾郎，並受邀搭乘前往哞哞牧場的飛行船。在船上，小智致電大木博士，卻意外得知博士的研究所後花園正陷入一場嚴重的危機。大量隨季節風遷徙而來的毽子草、毽子花與毽子棉，正與原本居住在該處的美麗花及水屬性寶可夢們，為了爭奪水源而發生激烈的領土糾紛。
妙蛙種子臨危受命，前往解決紛爭
大木博士認為，要解決寶可夢之間的爭端，最好的方式是讓具備領導才能的寶可夢出面調停。他想到了曾保護過許多受傷寶可夢、個性穩重的小智的妙蛙種子。小智聽取情況後，決定將妙蛙種子傳送回大木研究所協助。妙蛙種子抵達後，立刻目睹了草屬性與水屬性寶可夢之間的一觸即發的緊張局面，並開始嘗試進行說服工作。
展現實力與領導智慧，化解隔閡
起初，憤怒的寶可夢們並不理會妙蛙種子，蚊香君與毽子棉甚至發動攻擊。妙蛙種子在混亂中使出強大的陽光烈焰，以實力震懾全場並贏得了所有寶可夢的敬畏。隨後，在妙蛙種子的引導下，美麗花與毽子棉跳起了象徵和解的舞蹈，暫時化解了草屬性內部的矛盾。然而，水源不足的問題依然需要解決，大木博士決定帶領大家挖掘一個全新的草屬性專用池塘。
跨屬性合作，開闢新家園
在挖掘過程中，寶可夢們遇到了堅硬的地層，挖掘工作陷入僵局。妙蛙種子展現了卓越的指揮能力，它找來水屬性的蚊香君與瑪力露使用水槍軟化土質，再讓穿山王進行深層挖掘。即使遇到巨大的埋藏岩石阻礙，妙蛙種子也指揮所有寶可夢齊心協力將其移動。在最後關頭，地層因水源湧出而崩塌，妙蛙種子捨身救回了差點掉入地穴的走路草，最終清澈的水源填滿了新池塘，紛爭圓滿落幕。
為了守護秩序的沉重抉擇
雖然新池塘完工了，但大木博士發現，只要妙蛙種子離開，後花園的秩序就會再次動搖，因為只有它能得到所有寶可夢的信任與服從。博士向小智提出請求，希望能讓妙蛙種子留在研究所擔任守護者。小智在徵詢妙蛙種子的意見後，感受到它也想守護這群夥伴的決心，雖然充滿不捨，但仍決定將妙蛙種子寄放在大木研究所。最後，小智、小霞與小剛帶著對妙蛙種子的敬意與祝福，繼續朝著圓朱市進發。至於潛入飛行船冷藏庫而全身凍僵的火箭隊，則在飛行船起飛的熱氣沖擊下，再次消失在天際。