小智與阿弘的驚喜重逢
小智、小霞與小剛為了尋找神祕寶可夢的線索，從銀岩島經由海底隧道來到了沖島。在島上，他們意外地與在石英大賽認識的好友阿弘及他的皮卡丘「雷恩」重逢。阿弘表示自己查閱了大量目擊資料，推論出神祕寶可夢就棲息在沖島附近。兩組人馬決定攜手合作，前往人跡罕至的區域搜索，希望能一睹神祕寶可夢的真面目。
守護幼年洛奇亞的少年
眾人在海邊遇到了一名帶著電燈怪的少年修一。起初，修一擔心神祕寶可夢會受到外界干擾，刻意隱瞞真相。但不久後，眾人發現修一其實正守護著一隻尚未發育完全、被命名為「小銀」的幼年洛奇亞。修一分享了他在一週前的暴風雨中被小銀拯救的經過，並表示小銀目前還無法飛行。為了保護小銀不被壞人抓走，小智與阿弘向修一承諾會嚴守祕密。
洛奇亞親子的現身與信任
然而，火箭隊的亞瑪多與小三郎早已盯上了被稱為「寶可夢X」的洛奇亞。在一場激戰中，小智派出月桂葉，阿弘則派出沙基拉斯應戰。在眾人合力擊退亞瑪多等人後，成年的洛奇亞親鳥現身尋找小銀。雖然親鳥起初對人類充滿戒心並發動警戒，但在小銀與修一的安撫下，洛奇亞終於感受到小智等人的誠意，放下敵意展現出溫馨的親子互動。
陷入危機的小銀
就在眾人以為危機解除之際，火箭隊的亞瑪多與小三郎執行了第二階段計畫。他們利用精密的機械洛奇亞誘騙好奇的小銀靠近，並趁機將其捕捉。儘管小智與阿弘拼命阻攔，且武藏一行人也試圖在暗中攪局，但最終亞瑪多等人仍成功帶著受困的小銀潛入深海，消失在眾人的視線中。面對被迫分離的洛奇亞親子，小智與朋友們立志一定要將小銀救回來。