前往大波波島的奇遇
小智、小霞與小剛在前往漩渦列島大賽的途中，於青岩島的海邊目擊到一群太陽珊瑚正往「大波波島」前進。小霞為了收服心儀的太陽珊瑚，急切地想前往該島，卻遇上海流形成漩渦而無法行船。此時，該島的守護者飛太出現，帶領眾人通過驚險的吊橋抵達島嶼。眾人驚訝地發現，島上的波波因為長期處於沒有天敵的環境且受到漩渦保護，體型變得巨大且肥胖，甚至失去了飛翔的能力，被稱為「大波波」。
波波奧爾德林的壯志
在島上唯一的一戶人家中，飛太向小智等人介紹了一隻特別的波波，取名為「奧爾德林」。與其他體型巨大且不願飛翔的波波不同，奧爾德林維持著正常的體型，並日復一日地刻苦訓練，一心嚮往著祖先傳說中那能到達太陽、星星與月亮的高度。飛太感佩於奧爾德林的意志，多年來一直陪伴牠練習。大木博士透過視訊通話表示，這群大波波的變化在學界曾引發退化或進化的爭論，但最終被歸類為單純的肥胖，因此奧爾德林的志向顯得格外珍貴。
飛向成層圈的挑戰
火箭隊三人組偽裝成氣象觀測員出現，提議利用熱氣球帶領大家追蹤奧爾德林的飛行高度，實則打算趁機捉走奧爾德林與皮卡丘。在飛行過程中，喵喵對奧爾德林產生了共鳴，因為牠們都曾為了追求不平凡的目標而艱苦奮鬥（喵喵為了變成人，奧爾德林為了飛向極限）。當氣球升至一萬公尺的高空時，眾人必須戴上氧氣罩，甚至遭到烈雀與大嘴雀群的襲擊，但都被小智與奧爾德林一一化解。最終，奧爾德林超越了氣球的極限，獨自飛向了成層圈，見證了地球的圓弧與靜謐的星空。
喚醒飛翔的本能
在高空的極寒與缺氧環境下，奧爾德林一度陷入昏迷並急速墜落。喵喵焦急地呼喚，奧爾德林為了向大家傳達高空的美景，拼盡最後一份力氣調整姿勢。就在氣球燃料耗盡、眾人即將墜海的危急時刻，島上那些原本不會飛的大波波們，受到奧爾德林精神的感召，竟然成群結隊地飛上天空，集體接住了熱氣球，創造了奇蹟。最終，火箭隊照常被打飛，而大波波們重新找回了身為鳥類寶可夢的飛行本能。小智一行人告別了飛太與奧爾德林，帶著這份勇氣繼續朝著下一個城鎮前進。