海上危機與神祕黑影的出現
在成功挑戰湛藍道館並獲得打擊徽章後，小智、小霞與小剛一行人搭船前往下一個目的地。此時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵偽裝成導遊出現在船上，企圖捕捉皮卡丘。雙方在激烈的戰鬥中引發了大爆炸，導致小智等人掉入海中，並被捲入危險的巨大漩渦。在危急時刻，海中出現了一個神祕的黑影，隨後一道光芒引導小智他們脫離了險境。在神祕太陽珊瑚的引領下，他們被正在進行海上調查的空木博士以及海堂船長救起。
抵達青岩島與漩渦列島大賽的情報
小智一行人被帶到了漩渦列島的門戶——青岩島的普加市。在那裡，他們得知當地即將舉辦三年一度、僅限水屬性寶可夢參加的盛大賽事「漩渦列島大賽」。優勝者將獲得「水屬性寶可夢勇者」的榮譽稱號。身為水屬性寶可夢愛好者的小霞對此熱血沸騰，小智也決定參加挑戰，兩人隨即在喬伊小姐的幫助下完成了大賽報名。另一方面，空木博士向小智介紹了他剛在當地捕獲的新夥伴太陽珊瑚，並提到目前寶可夢研究仍有許多未知，包括近年才被確認的「鋼鐵屬性」。
火箭隊的奇襲與太陽珊瑚的英勇表現
當眾人在寶可夢中心交流時，火箭隊駕駛著氣球再度現身，並利用防電網成功捕捉了中心內大量的水屬性寶可夢，連皮卡丘也不幸被捕。小霞派出海星星迎戰，卻因敵方攻勢受挫。這時，空木博士的太陽珊瑚因為同伴被抓而感到憤怒，挺身而出戰鬥。太陽珊瑚在水面上靈活地奔跑，展現出驚人的速度，並使用撞擊與尖刺加農炮徹底擊潰火箭隊，將所有寶可夢平安救回。空木博士對太陽珊瑚展現的戰鬥力感到十分驚訝與欣慰。
新的冒險目標與未來展望
事件結束後，小智與空木博士及大木博士通話，分享了關於漩渦列島的神祕黑影與比賽的消息。空木博士鼓勵小智與小霞在比賽中好好表現，並深入了解海洋生命的神祕之處。為了參加在赤岩島舉行的漩渦列島大賽正式賽，小智一行人告別了空木博士與海堂船長，出發前往下一個島嶼——黃岩島。帶著對新寶可夢的期待與對大賽的鬥志，他們在漩渦列島的冒險才正要開始。