抵達淺蔥市與初探淺蔥道館
小智、小霞與小剛一行人終於穿過了沙漠地帶，抵達了前往湛藍市前的港口都市——淺蔥市。目標是取得第五枚徽章的小智，迫不及待地奔向淺蔥道館。道館內部充滿了鋼鐵氣息，隨後一名自稱為道館館主蜜柑的少女「小夏」出現，並宣布進行三對三的寶可夢對戰。小夏派出了一隻全身閃耀著奇特光澤的大岩蛇，而小智則派出了水屬性的小鋸鱷應戰。
不公平的戰鬥與真正的館主現身
在戰鬥中，小智驚訝地發現小鋸鱷的水槍對大岩蛇竟然完全不起作用，這完全違背了屬性相剋的常識。大岩蛇隨即反擊擊敗了小鋸鱷。就在小智準備派出皮卡丘時，真正的道館館主蜜柑帶著一隻電球出現並喝止了比賽。蜜柑揭穿了小夏只是道館的見習生，並指出這隻大岩蛇之所以不怕水，是因為被塗抹了厚厚的防水蠟。蜜柑嚴厲地批評了小夏這種不理解寶可夢特性、只想投機取巧的做法，並宣布比賽無效，隨後將小夏逐出道館。
發光燈塔的守護者與電龍的危機
蜜柑解釋她現在無法進行道館賽，是因為長期守護淺蔥市航行安全的「發光燈塔」電龍「光兒」病倒了。由於電龍的光芒日益衰弱，蜜柑必須守在牠身邊照料。蜜柑的祖父哈薩克提到，位於海對岸的湛藍市藥房有專用的特效藥，但目前人手不足無法取藥。小智為了讓電龍早日康復，主動請纓前往湛藍市代為取藥。此時，火箭隊三人組企圖搶奪電龍，他們發射煙幕並將眾人困在燈塔內。
小夏的成長與前往湛藍市的決定
在混亂中，被逐出的小夏帶著大岩蛇挺身而出。受到小智之前「傾聽寶可夢心聲」的啟發，小夏不再依賴防水蠟，而是發揮大岩蛇巨大的身體優勢，成功制服了火箭隊的阿柏怪。最後在小智皮卡丘的協助下，眾人聯手擊飛了火箭隊。看到小夏終於領悟了與寶可夢並肩作戰的真諦，蜜柑原諒了她並讓其重回道館。得知湛藍市也有湛藍道館後，小智決定與小夏一同搭船前往湛藍市，既是為了取回光兒的藥，也是為了挑戰新的徽章。