意外的離散與神祕的傳聞
小智、小霞與小剛一行人正朝著下一個道館所在地「淺黃市」前進，在穿越沙漠的途中，遭到了火箭隊的伏擊。火箭隊利用耐電網成功抓住了皮卡丘，小智隨即派出火球鼠迎戰。在戰鬥中，火球鼠的「噴射火焰」引發了雙彈瓦斯的「煙幕」大爆炸，雖然成功救回了皮卡丘並擊退火箭隊，但火球鼠卻在爆炸的衝擊下與小智走散。眾人趕往附近的寶可夢中心求助，喬伊小姐提到了一個神祕傳聞：這片荒野中存在著一個「寶可夢綠洲」，能讓受傷與走失的寶可夢在那裡治癒傷痛。
綠洲的守護者與慈悲的奇蹟
受傷且精疲力竭的火球鼠與同樣受傷的喵喵，被一群野生寶可夢帶到了一個隱蔽的山谷，那裡正是傳聞中的綠洲。在那裡，他們遇到了守護神「大奶罐」。大奶罐展現了極大的慈悲心，利用「治癒之鈴」安撫受傷的心靈，並以富有能量的「牛奶飲用」招式為火球鼠與喵喵恢復體力。在這個為了避開人類而存在的世外桃源裡，寶可夢們互相扶持。小智一行人在大岩蛇與其他夥伴的協助下，穿過由椰蛋樹設置的催眠術屏障，終於在地下水源的引導下找到了這座綠洲，並與火球鼠重逢。
守護祕密的決心與離別
然而，火箭隊的武藏與小次郎再次現身，企圖利用強化過的耐電網將綠洲內的寶可夢一網打盡，甚至抓走了大奶罐。曾受恩惠的喵喵試圖勸阻同伴，而火箭隊的其他寶可夢也因為感受到綠洲的平和而產生動搖。小智為了保護這片聖地，指揮皮卡丘、火球鼠與月桂葉發動反擊。火球鼠以精準的火焰燒毀陷阱，救出了大奶罐並將火箭隊擊飛。戰鬥過後，綠洲的寶可夢們感受到了小智的善良，放下敵意與人類和好。小智承諾絕對不會向任何人透露這座祕密綠洲的位置，以確保寶可夢們能繼續在此平靜生活。帶著與大奶罐建立的情誼，小智一行人再次踏上前往淺黃市的旅途。