偶然的邂逅：巨大的豪華飛行船
小智、小霞與小剛在前往淺黃市淺黃道館的途中，偶遇了一艘巨大的飛行船「星期一藍調號」。這是一艘被譽為「空中豪華飯店」、全長200公尺且正在環繞世界一週的飛行船。就在三人驚嘆之際，一名船員急忙詢問是否有寶可夢醫生，因為乘客的寶可夢身體不適。身為寶可夢培育家的小剛主動請纓，帶著同伴一起登上飛行船協助治療。
小剛的醫術：拯救受難的變隱龍
在船上，他們遇見了乘客艾兒與麗莎兩姊妹。她們的寶可夢是兩隻名為「小綠」與「小紅」的變隱龍。這兩隻變隱龍因為強風導致的船身晃動而產生了嚴重的暈船現象。小剛展現專業，利用自製的藥品與營養寶可夢食物，成功讓兩隻變隱龍恢復了精神。兩姊妹對小剛深表感激，而這也讓小剛一如既往地陷入了對大姐姐的過度熱情之中。
火箭隊的陰謀：從奪取船隻到覬覦財寶
與此同時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵也潛入船內。他們最初企圖奪取這艘飛行船作為空中移動基地，但在意識到無法操作如此巨大的船隻後，隨即將目標轉向船上富豪乘客的財寶。當他們正在艾兒姊妹的房間搜尋財物時，遇見了變隱龍。為了保護主人的珠寶盒，其中一隻變隱龍將珠寶盒吞入口中並隱身逃走，另一隻變隱龍也誤吞了小剛的藥盒，導致全船陷入一場大混亂。
隱形大混亂：變隱龍的守護行動
由於飛行船將在兩小時後啟程，小智一行人與船員展開了緊急搜索。變隱龍善於變換體色與隱形的特性給搜索帶來極大難度，而火箭隊也想趁機抓住這兩隻罕見的寶可夢。在一番追逐後，雙方在船艙中展開對峙。武藏派出了阿柏怪，小次郎派出大食花，而小智則以月桂葉與小霞的蚊香君應戰。兩姊妹也指揮恢復健康的變隱龍使出「舌舔」與「幻象光線」反擊。最終在小智一行人的協力下，月桂葉以「藤鞭」將火箭隊徹底擊飛。
激戰與別離：地面的旅行繼續前行
混亂平息後，變隱龍交還了口中的珠寶盒。原來，牠們之所以帶著寶盒躲藏，是為了守護財產不被形跡可疑的火箭隊搶走。失主老先生深受感動，並未怪罪變隱龍。隨著「星期一藍調號」再次起飛，小智一行人在地面上目送艾兒姊妹離去。雖然空中旅行十分豪華，但小智與同伴們感悟到，行走在地面上能與更多的人與寶可夢相遇，這才是旅行真正的意義。隨後，他們整理行裝，繼續朝著淺黃市邁進。