遭遇考古學家與神殿傳說
小智、小霞與小剛在前往淺黃市挑戰淺黃道館的旅途中，於山林間休息。此時，小剛的大嘴蝠敏銳地察覺到異常，引導眾人發現了因土石流受困的考古研究員奈月。奈月向眾人解釋，她正在尋找傳說中的地下神殿，據古籍記載，古代有一位女王能使用「黃金面具」與「權杖」在不使用精靈球的情況下自由操縱任何寶可夢。一直在旁偷聽的火箭隊三人組得知此事，幻著能藉此控制皮卡丘，便暗中展開行動。
大嘴蝠的偵測與地下探索
由於奈月的偵測設備損壞，小剛靈機一動，利用大嘴蝠的超音波代替天線，成功連結電腦將地底構造視覺化，進而發現了巨大的神殿空間。在小剛派出小拳石協助挖掘時，火箭隊駕駛著「三地鼠一號」機械強行介入，導致地層下陷，眾人一同墜入了古老的神殿之中。在神殿深處，武藏率先奪走了石像上的黃金面具與權杖，並隨即展現出不可思議的力量。
面具的力量與女王武藏
戴上面具的武藏自封為女王，性格變得狂妄自大。她先後操縱了喵喵與小智的皮卡丘，甚至讓皮卡丘對小智發動電擊。小剛派出大岩蛇與大嘴蝠試圖奪回權杖，卻發現權杖發出的控制訊號對大嘴蝠無效，原來是大嘴蝠自身的超音波與權杖產生的波長產生了抵銷。隨後，神殿因震動再次發生大規模崩塌，眾人與寶可夢被迫分散，小剛在危機中憑藉著與大嘴蝠長久以來的深厚羈絆，成功在廢墟中感應到其位置並將其救出。
大嘴蝠進化與最終決戰
火箭隊帶著皮卡丘逃到地面，武藏正打算命令皮卡丘攻擊小智時，奈月指出面具與權杖的力量僅限於古老神殿的村落邊界內，離開邊界後控制力便會消失。皮卡丘恢復神智後憤而電擊武藏。火箭隊隨即啟動備用引擎逃亡，為了奪回珍貴的文化遺產，大嘴蝠與小智的貓頭夜鷹展開追擊。在強烈的鬥志與對小剛的深厚親密度感應下，大嘴蝠在空中發光，進化成了擁有四片翅膀的「叉字蝠」，以驚人的速度追上火箭隊，並配合皮卡丘的十萬伏特將火箭隊擊飛。
羈絆的真諦
事件結束後，奈月成功守護了黃金面具與權杖，並感謝小智一行的幫忙。小剛雖然試圖對奈月展開追求卻依然失敗收場。眾人體會到，比起使用外物強行操縱，透過愛情與時間細心培育、與寶可夢建立真正的羈絆（如大嘴蝠因高親密度進化）才是成為優秀培育家與訓練家的正確道路，隨後便繼續朝向淺黃市邁進。