叢林中的溫泉度假
小智、小霞與小剛在前往圓朱市的旅途中，來到了一片氣候異常溫暖的叢林。原來這裡隱藏著許多天然溫泉，使得周遭環境宛如南國。為了讓長途跋涉的寶可夢們放鬆，小智決定放出所有的寶可夢在溫泉池中盡情玩耍。其中，菊草葉、火球鼠與小鋸鱷在玩球時展現出互不相讓的競爭心，三隻寶可夢為了爭奪沙灘球而各顯神通。在玩耍過程中，球不小心飛到了遠處的山坡，三隻寶可夢為了找回球而一同跑進了茂密的森林深處。
山洞中的意外受困與重逢
與此同時，火箭隊的武藏與小次郎正拿著旅遊手冊尋找傳說中的秘湯，渴望能好好享受溫泉。喵喵在途中與兩人走散，卻意外遇到了追逐沙灘球的三隻寶可夢。牠們在追逐中不慎進入了一個山洞，而一隻巨大的卡比獸正好在山洞門口沉睡，龐大的身軀徹底堵住了唯一的出口。在密閉的山洞內，喵喵起初還想捕捉這三隻寶可夢，但山洞隨後發生震動與落石。在危機時刻，小鋸鱷本能地救了喵喵，這讓喵喵大為感動。在喵喵的調解下，原本愛競爭的三隻寶可夢決定放下成見，在菊草葉的帶領下利用微弱的氣流尋找出口，並嘗試合力推開阻礙道路的障礙。
溫泉噴發與急流危機
在山洞的另一端，武藏與小次郎雖然找到了溫泉，卻因為與當地的長尾怪手群發生爭執，意外導致溫泉壓力過大而噴發。巨大的水壓衝破了岩層，形成一股猛烈的洪水灌入洞穴，將洞穴內的所有人與寶可夢都沖了出來。菊草葉、火球鼠與小鋸鱷被捲入湍急的急流，眼看就要被沖下高聳的瀑布。就在這千鈞一髮之際，小智一行人及時趕到。雖然小智心急如焚，但在強大水流中無法靠近。此時，三隻寶可夢展現了驚人的默契與團隊合作，牠們利用菊草葉的藤鞭互相支撐，火球鼠與小鋸鱷也全力配合，最終成功靠著自己的力量游向岸邊脫險。
夥伴情感的昇華
經過這次驚險的「小小冒險」，菊草葉、火球鼠與小鋸鱷終於理解到彼此是互相信任的夥伴，原本愛計較誰比較強的競爭心，轉化成了深厚的友誼。小智看到寶可夢們平安無事且變得更加團結，感到非常欣慰。而火箭隊依然在卡比獸的干擾與洪水的衝擊下，再次以「好討厭的感覺」收場。小智一行人告別了溫泉叢林，帶著成長後的寶可夢們，繼續踏上前往下一個挑戰的旅程。