意外的邂逅與元藏流道場
小智、小霞與小剛在前往圓朱市的途中，偶然遇到一隻因被大針蜂螫到而失控狂奔的肯泰羅。小智見義勇為，指揮妙蛙種子利用精湛的戰術成功制服了肯泰羅，救下了險些被撞上的老者元藏。元藏對小智培育妙蛙種子的水準大為賞識，盛情邀請他們前往自家的「元藏流格鬥道場」。抵達道場後，他們見到了元藏的孫女千草，她正帶著戰舞郎練習一種融合了節奏與舞蹈的格鬥風格。然而，身為師範的元藏卻認為千草的格鬥舞蹈華而不實，缺乏實戰價值，甚至動了想讓小智繼承道場的念頭，引發了祖孫間的矛盾。
道場破壞者的挑戰
就在此時，一名自稱「道場破壞者」的武者志郎帶著飛腿郎來到道場，企圖奪走道場的招牌作為宣傳。元藏本欲親自應戰，卻不慎引發閃腰（急性腰痛）而無法行動。千草為了守護道場，決定代替祖父出戰。對戰初期，戰舞郎雖然展現了華麗的旋轉技巧，但在飛腿郎強力的實戰攻勢下，千草因過於追求動作的美感而忽略了戰場變化，導致戰舞郎陷入苦戰。就在勝負即將揭曉之際，火箭隊突然闖入企圖捕捉這兩隻稀有的格鬥系寶可夢。在混亂中，小智再次指揮妙蛙種子展現強大的實戰能力擊退火箭隊，這讓元藏更加堅信千草需要向小智學習。
妙蛙種子的特訓與默契的覺醒
元藏拜託小智利用妙蛙種子為千草進行特訓。特訓過程中，小智指揮妙蛙種子用藤鞭模擬飛腿郎的各種踢擊，並指出千草的問題在於「默契」。元藏進一步解釋，千草過於執著於完美的型態與節奏，反而限制了與寶可夢之間的心靈相通。千草聽後如夢初醒，意識到自己一直以來只把寶可夢當作展現美的工具，而非真正的戰鬥夥伴。她向戰舞郎致歉並重新建立起深厚的羈絆，兩者開始在戰鬥中展現出前所未有的同步感。
最後的對決與全新的開始
隔日，千草與志郎進行重賽。這一次，千草不再死守固定的節奏，而是隨時觀察對手並給予戰舞郎最精確的指示。面對飛腿郎犀利的踢擊，戰舞郎展現了完美的防禦與反擊。最終，戰舞郎使出全新開發的絕招「空中旋轉下壓踢」，成功擊倒飛腿郎贏得勝利。志郎心服口服地離開後，火箭隊開著特製的「喵喵機甲」再次突襲，但在千草與小智的默契配合下，戰舞郎與妙蛙種子聯手再度將火箭隊送向天際。千草體會到了實戰的真諦，決定跟隨祖父重新腳踏實地地修行。小智一行人也帶著滿滿的收穫，繼續朝著圓朱市邁進。