抵達阿露福遺跡與遇見大木博士
小智、小霞與小剛一行人來到了著名的「阿露福遺跡」，這裡以挖掘出大量的古代寶可夢化石而聞名。在那裡，他們意外與大木博士會合。大木博士向他們介紹了自己的學生佐竹，佐竹目前正在此地進行一項重大的研究計畫。雖然佐竹起初擔心大發現被外傳會引起學界動亂，但在大木博士的引薦下，他決定帶領小智一行人參觀這項驚人的建設。
古代寶可夢樂園的震撼體驗
佐竹帶領大家進入了即將完工的「古代寶可夢樂園」。這個樂園結合了最新的化石分析數據與尖端機械技術，模擬了兩百萬年前的生態環境。園內不僅有火山活動的模擬，還有栩栩如生的化石翼龍與鐮刀盔的機械裝置。佐竹分享了他的「海洋起源說」，認為所有寶可夢的根源都來自於海洋，這讓愛好水屬性寶可夢的小霞聽得熱血沸騰。
驚人的大發現：生還的活化石
在參觀的過程中，大家在模擬古代海岸的區域驚訝地發現了真正的「菊石獸」與「多刺菊石獸」。佐竹證實這些並非機器人，而是真實存在的生命。大木博士深受感動，提到自己研究寶可夢的契機正是因為幼時見到菊石獸化石的美麗。大家推測這些寶可夢是順著後山的地下水源誤打誤撞進入樂園的。然而此時，樂園的水源卻突然中斷，引起了大家的警覺。
火箭隊的貪婪計畫與水源爭奪戰
原來，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵正躲在後山水源處，企圖盜取「阿露福名水」販售。他們在抽水時發現了大量珍貴的菊石獸，於是決定將牠們全部抓捕，獻給老大以謀求升官發財。小智派出貓頭夜鷹偵察到現場後，眾人趕往制止。武藏和小次郎派出阿柏怪與雙彈瓦斯應戰，但皮卡丘發揮強大實力將其擊潰。最後，火箭隊企圖帶著滿滿一袋菊石獸乘坐熱氣球逃走，卻因重量過重無法升空，被皮卡丘的十萬伏特再次擊飛。
守護古代生態與離別
危機解除後，菊石獸與多刺菊石獸展現了牠們的習性，甚至能使出水槍協助恢復水源。雖然這次發現活生生的古代寶可夢是學術界的重磅消息，但大木博士建議不應對地下世界進行過度開發或調查。他認為人類的介入會破壞古今的平衡，最好的保護就是讓牠們安靜地生活。佐竹也認同博士的理念。最後，小智一行人帶著這份珍貴的體驗，繼續朝向下一個城鎮邁進。