前往滿金市的途中與麒麟奇的邂逅
小智、小霞與小剛一行人正朝著下一個目的地滿金市前進。在路途中，他們看到一塊告示牌提醒此區常有幽靈屬性寶可夢出沒，建議旅人攜帶超能力屬性寶可夢以策安全。正當眾人感到不安時，一隻外型奇特、尾巴長著腦袋的寶可夢——麒麟奇突然出現。小智起初誤以為它是幽靈屬性，隨後認識了麒麟奇的訓練家切莉。切莉解釋麒麟奇是長頸寶可夢，並邀請小智一行人前往她的家鄉——超能力寶可夢之村「紅蓮鎮」。
超能力招式的威力：皮卡丘對戰麒麟奇
在紅蓮鎮，切莉向小智發起挑戰，進行一場一對一的友誼賽。小智派出皮卡丘對戰切莉的麒麟奇。比賽中，麒麟奇展現了神祕的招式「預知未來」，雖然當下看似沒有發動攻擊，但隨後皮卡丘卻在毫無預兆的情況下被一股強大的力量震飛。切莉解釋這是超能力招式的時間差攻擊。儘管麒麟奇展現了驚人的實力，最終皮卡丘還是憑藉強大的體力與「打雷」招式險勝。戰鬥後，切莉提到她的夢想是成為超能力寶可夢大師，並希望能達到與寶可夢心電感應的境界。
火箭隊的陰謀：反彈超能力的鏡子耿鬼
正當村民們安穩生活時，鎮上的居民托克驚慌地跑來報告，出現了一隻超能力招式完全無效的巨型耿鬼。原來這是火箭隊為了捕捉村裡的超能力寶可夢，特別研發出的「巨型耿鬼機器人」。該機器人外殼裝滿了鏡子，能反彈所有的超能力招式。武藏、小次郎與喵喵利用這個機器人抓走了鎮上的凱西、魔牆人偶等多隻寶可夢，讓依賴超能力保護的村民陷入恐慌。火箭隊嘲諷村民與寶可夢之間的羈絆在科技面前毫無意義。
心電感應的覺醒與大反擊
為了救回被抓走的寶可夢，切莉帶領麒麟奇挺身而出。在戰鬥過程中，切莉的情感與麒麟奇達成高度同步，成功覺醒了「心電感應」的能力，她能預見機器人的攻擊軌跡並指揮小智避開危險。麒麟奇利用「念力」托起皮卡丘在空中飛行，讓皮卡丘在機器人的死角發動「打雷」。最終，「預知未來」的效果準時發動，配合皮卡丘的電擊徹底炸毀了機器人，成功救回所有被捕的寶可夢，並再次將火箭隊擊飛。
結尾與新的旅程
事件解決後，紅蓮鎮恢復了往日的寧靜。切莉與麒麟奇的羈絆變得更加深厚，她決定繼續磨練自己，期待未來能在城都聯盟與小智再次相遇。小智一行人告別了切莉與熱情的村民，帶著滿滿的活力，繼續踏上前往滿金市的旅程。