GS球的委託與鋼鐵先生的邂逅
小智、小霞與小剛抵達了檜皮鎮，在成功守護呆呆獸之井並救出精靈球工匠鋼鐵先生後，眾人來到鋼鐵先生的家中。小智將大木博士委託的「GS球」交給鋼鐵先生，希望這位傳奇職人能解開連大木博士都束手無策的謎團。雖然鋼鐵先生也是首次見到這種的神祕球體，但他深受挑戰吸引，答應代為保管並深入研究其構造。
圓柑果實與特殊寶可夢球
透過與大木博士的視訊通話，小智得知鋼鐵先生能利用傳統素材「圓柑果實」製作出功能特殊的寶可夢球。為了感謝小智等人的幫忙，鋼鐵先生贈送了由白圓柑果實製成的「速度球」。在得知不同顏色的圓柑果實能製作出如「甜蜜球」、「月亮球」等各種功能的球後，小智在鋼鐵先生孫女千惠的引導下，前往後山尋找其他種類的圓柑果實。
後山的冒險與榛果球的出現
在山上，千惠向大家介紹了各種果實：粉紅色能做成捕捉異性寶可夢效果極佳的「甜蜜球」、黃色能做成適合以月之石進化之寶可夢的「月亮球」。過程中，小剛對待在樹上的「榛果球」產生了濃厚興趣，儘管這種寶可夢受到衝擊就會立刻自爆，但身為寶可夢培育家的小剛卻燃起了想要挑戰培育牠的鬥志。此時，火箭隊帶著廉價的吸塵與鼓風裝置出現，企圖大肆搜刮珍貴的圓柑果實，卻先後遭到地鼠群的抵抗與自然力量的阻撓。
小剛收服新夥伴與擊退火箭隊
火箭隊隨後在黑圓柑果實樹附近發動攻擊，企圖強行奪取果實。混戰中，一隻榛果球為了保護領地正準備發動強大的自爆攻擊。危急時刻，小剛為了救牠免於受傷，立刻投出剛獲得的「速度球」，在爆炸前一刻成功將其收服。隨後，皮卡丘以十萬伏特徹底擊飛了火箭隊，保護了森林的圓柑果實樹。
達成使命與挑戰道館的志向
回到鎮上後，鋼鐵先生表示GS球內部設有極其複雜且前所未見的電子鎖，需要更多時間才能解開。小智決定將球暫時留在鋼鐵先生處進行解析，這也完成了大木博士交代的心願。由於檜皮鎮的水源危機已經解除，當地的檜皮道館也重新開放，收服了新夥伴的小智與小剛，滿懷信心地準備迎接下一場道館賽挑戰。