前往檜皮鎮與乾旱危機
小智、小霞與小剛一行人正朝著城都聯盟第二個道館所在地——檜皮鎮前進。然而，當地正遭逢嚴重的乾旱，農田枯萎，酷熱難耐。為了消暑，小霞喚出海星星使用水槍噴灑，小智也想如法炮製，派出傑尼龜來場水槍淋浴。與此同時，同樣受困於酷暑的火箭隊三人組，在喵喵研發的「地鼠二號」全自動挖洞機器人的帶領下，意外挖掘到了傳說中的「呆呆獸之井」。
檜皮鎮的守護神——呆呆獸
抵達檜皮鎮後，小智一行人發現當地的道館因限水政策而關閉，於是決定先執行大木博士的委託，將GS球送給當地的圓柑果球職人——鋼鐵先生。小智在鎮上不小心踩到了路邊呆呆獸的尾巴，竟然引發鎮民集體憤怒，甚至要將他逮捕。危急時刻，一位穿著呆呆獸玩偶服的老人出現並救走了他們。老人解釋，在檜皮鎮，呆呆獸被視為神明，因為四百年前曾有一隻呆呆獸大打哈欠引來降雨，解救了乾旱中的小鎮。
鋼鐵先生與呆呆獸之井的危機
這位穿著玩偶服的老人正是鋼鐵先生。他原本正要去視察呆呆獸之井，因為聽聞那裡傳出怪聲。小智等人隨後趕往井口，發現鋼鐵先生因為急於阻止入侵者而不慎摔傷腰部。入侵者正是火箭隊，他們企圖抓走井內所有的呆呆獸，並以高價賣給受乾旱所苦的人們大發橫財。武藏和小次郎操縱著改良過的挖洞機器人，利用洞穴地面積水的特性，讓小智的皮卡丘因為擔心傷及呆呆獸而無法輕易放電。
傳說再現：呆呆獸的大打哈欠
小智派出赫拉克羅斯與火箭隊戰鬥，但機器人的防禦力極強。就在陷入苦戰之際，井內的呆呆獸們似乎感應到了夥伴的危機，集體緩步走向出口，並同時張大嘴巴打了一個巨大的哈欠。隨即，天空烏雲密佈，降下了救命的大雨，雨水瞬間充滿了枯竭的水井，形成一道強烈的水流將火箭隊連同機器人一起沖出洞穴。來到戶外後，小智指揮皮卡丘對火箭隊使出雷電，成功將他們擊退。乾旱解除後，鋼鐵先生正式向小智自我介紹，而小智也才驚覺這位熱血的老人就是他一直在找的目標，GS球的交付任務與後續的冒險才正要開始。