與愛哭瑪力露的偶然相遇
在獲得了桔梗道館的飛翼徽章後，小智一行人朝著下一個目的地檜皮鎮前進。當他們路過一片高級別墅區時，偶然發現了一隻落單且正在哭泣的瑪力露。小霞因為覺得瑪力露非常可愛，試圖用寶可夢球收服牠，但球卻被彈開了，這才發現這隻瑪力露戴著緞帶，是有訓練家的寶可夢。這隻瑪力露性格極其膽小且容易受驚，其威力驚人的哭聲讓小智、小霞與小剛感到非常頭痛。
火箭隊的突襲與眾人失散
就在眾人手忙腳亂之際，火箭隊三人組（武藏、小次郎與喵喵）駕駛著豪華轎車偽裝成免費接送人員出現，趁機將小智一行人騙上車，並強行奪走了皮卡丘與瑪力露。在逃跑過程中，火箭隊的車輛發生意外失控，導致皮卡丘、瑪力露與小霞一同墜入山谷，與留在原地的小智和小剛失散。隨後，小智與小剛遇到了瑪力露的訓練家——少女美雪。小剛對美雪一見鍾情，並熱情地承諾一定會幫她找回瑪力露。
小霞與瑪力露的叢林冒險
掉進森林深處的小霞帶著皮卡丘與瑪力露尋找出口。雖然瑪力露一路上不停地大哭，讓小霞感到精疲力竭，但她仍耐心地引導瑪力露利用其敏銳的聽覺來搜尋美雪的蹤跡。途中，他們不慎闖入了大針蜂的領地，小霞指揮皮卡丘發揮實力擊退了蜂群。接著森林突然下起雷雨，瑪力露因畏懼雷聲而驚慌亂竄，險些發生危險，幸好小霞奮不顧身地保護了牠。在共同經歷了這些危機後，瑪力露終於對小霞產生了信任與好感。
最終決戰與重逢離別
火箭隊再次現身試圖捕捉皮卡丘與瑪力露，小智與小剛及時帶著美雪趕到現場。小智派出菊草葉，配合小霞的蚊香蝌蚪對抗火箭隊的阿柏怪與雙彈瓦斯。在戰鬥中，瑪力露也為了保護小霞展現勇氣。最終在皮卡丘強力的電擊下，火箭隊再次被打飛。戰鬥結束後，美雪與瑪力露感動重逢。雖然離別時小霞嘴上抱怨瑪力露是個麻煩的愛哭鬼，但看著美雪帶著瑪力露搭車離去的身影，心中仍流露出不捨的情誼。小智一行人告別美雪後，繼續踏上前往下一個道館的旅程。