森林中的異樣與赫拉克羅斯的現身
小智、小霞與小剛在前往桔梗市挑戰第一場道館賽的途中，穿越一片茂密的森林。然而，他們驚訝地發現森林的一角竟然出現了乾枯荒涼的景象。正當眾人感到疑惑時，一群赫拉克羅斯出現了。小智興奮地想要捕捉，卻被森林警備隊隊員森男阻止。森男解釋，這片森林原本有著平衡的生態系統，性情溫和的赫拉克羅斯與巴大蝶一直和平共處，共同分享樹液。但最近因為某種原因，凱羅斯開始入侵赫拉克羅斯的領地，導致生態平衡遭到破壞，森林也隨之枯萎。
生態危機的真相與凱羅斯的侵略
隨後，眾人目睹了凱羅斯粗暴地驅趕巴大蝶，甚至圍攻一隻為了保護巴大蝶而留下的赫拉克羅斯。小智派出妙蛙種子與皮卡丘協助驅逐凱羅斯，這隻赫拉克羅斯為了表示感謝，甚至想吸取妙蛙種子身上的甜味。森男指出，凱羅斯與赫拉克羅斯本應各自擁有領地，不應發生這種衝突。為了查明真相，一行人前往凱羅斯的領地，卻發現唯一的吊橋被人人為割斷。此時，這隻熱心的赫拉克羅斯展現其驚人的力量，推倒了一棵大樹架成臨時的橋，帶領眾人渡過峽谷。
火箭隊的陰謀與機械凱羅斯
進入凱羅斯的領地後，真相大白。原來這一切的混亂都是火箭隊（武藏、小次郎與喵喵）造成的。他們為了大賺一筆，研發了樹液採集機器人「凱羅斯君1號」，將整片森林的樹液掠奪一空，導致凱羅斯們因飢餓而被迫遷徙到赫拉克羅斯的森林。火箭隊派出大舌頭與大食花攔阻，甚至啟動機械凱羅斯。這台機器人不僅外殼堅硬，能無視妙蛙種子的葉片快刀，還具備吸收並反彈皮卡丘電擊的功能，讓小智陷入苦戰。
守護森林的勝利與新的夥伴
在關鍵時刻，那隻赫拉克羅斯挺身而出，與機械凱羅斯展開角力。儘管機器人馬力強大，但在小智等人的加油鼓勵以及眾人趁隙奪回樹液罐的情況下，赫拉克羅斯發揮出超越極限的力量，使用大角將沉重的機器人徹底掀翻並拋向空中，火箭隊也隨著爆炸化作天邊的星光。隨著火箭隊的消失，凱羅斯們回到了原本的家園，森林的生態系統也重新恢復了平衡。
溫馨的告別與新的收服
事件解決後，小智一行人向森男告別，準備繼續旅程。沒想到，那隻多次協助他們的赫拉克羅斯竟然主動跟了上來，表現出強烈的追隨意願。小智感受到牠的心意，正式邀請牠加入隊伍。在小剛與小霞的見證下，小智成功收服了赫拉克羅斯，為城都地區的冒險增添了一位強大又可靠的新夥伴。